高性能计算协同创新中心以国防科技大学为牵头单位，中山大学和中国电子信息产业集团有限公司（CEC）为核心协同单位，中国科学院计算技术研究所、中国科学技术大学、湖南大学、北京大学、北京应用物理与计算数学研究所、中国空气动力研究与发展中心计算空气动力学研究所、深圳华大基因研究院、浪潮电子信息产业股份有限公司为主要参与单位。协同创新中心依托国防科大建设，中心主体设长沙。

2014年，中心顺利通过国家教育部认定，为国家2011计划协同创新中心。