字啸桐，号愧室，龙门人。父高绍曾，居省城福州。清光绪元年(1875年)以秀才入郡学。光绪八年，得中举人，连考进士不第，遂回福州，授徒自给，教人重行谊。光绪二十二年林启任杭州知府，凤岐聘入幕府，佐林启施政。建议兴办“蚕学馆”，创建“求是书院”等，政绩斐然。高凤岐因此名著一时。光绪二十六年，林启卒。他又佐方家澍治理桐乡、秀水等县。光绪二十八年，执教于浙江大学堂。光绪二十九年，应两广总督岑春煊之请，入为幕府。翌年，到浙江任知县。光绪三十一年又被岑春煊召回两广，任学务处提调，后以功升梧州知府。他清义仓、立工厂、兴蚕学、办农林、整学规，视官事如家事，事必躬亲。8个月后因积劳成疾，辞官去上海养病。宣统元年(1909)，高凤岐病逝于上海。后浙江人将其配祀于孤山林启祠。