骷髅队（日文︰スカル団だん，英文︰Team Skull）是太阳/月亮中出现的在阿罗拉地区专给人们找麻烦的流氓组织。

在游戏里，骷髅队手下自称整个骷髅队都是一群没有完成诸岛巡礼的训练家组成的。骷髅队的队员多次在诸岛巡礼时阻碍主角，但是因为太弱，反而不被任何人关注。

主角在马利埃静市第一次遇到古兹马，得知古兹马非常敌视库库伊博士，并称库库伊博士也是个当不上队长的家伙。库库伊博士反驳道自己只是没有精力去做一名队长，后主角受到了古兹马的挑衅，在对战后古兹马一阵歇斯底里的离开了。

在旅行过程中主角会多次与大姐头布尔美丽交战，也因此得知了一些骷髅队的秘密。

在进行完超值超市旧址的考验后，以太之家的猫鼬少“少少”会被骷髅队劫持，主角前往魄镇的可疑宅邸与古兹马再度对战。寻回“少少”后，主角一行却发现这其实是以太基金会的圈套，真正的目的是让骷髅队带走莉莉艾。

以太基金会雇佣骷髅队抢走了莉莉艾和科斯莫古，而骷髅队在以太乐园也阻止主角前往莉莉艾所在之处。在露莎米奈利用科斯莫古打开究极空间后，古兹马与露莎米奈一起前往了究极空间。在究极空间中，古兹马被露莎米奈的疯狂和到处都是的虚吾伊德吓到了。

在事件过后，古兹马解散了骷髅队，大部分的骷髅队成员选择了自谋生路。

动画中的骷髅队大致和游戏设定相同，由古兹马创办，但布尔美丽提到骷髅队成员都是一批实力较弱但又不甘心总是失败的宝可梦训练家（和诸岛巡礼无太大关系）；这些人因为古兹马总是百战百胜故而视古兹马为神（古兹马只参加自己能打赢的比赛），经常在阿罗拉地区闹事；因而先后和小智一行人、火箭队三人组、格拉吉欧、哈普乌等人发生冲突。

在阿罗拉第一届联盟上，骷髅队老大古兹马在4强赛落败小智；而在预赛就已经淘汰的其余成员目睹这场对战后依然爱戴古兹马，让古兹马改变了自己以往的作风。此后，骷髅队开始了日常集训并且不再闹事。小智回到阿罗拉地区参加皇家对战的时候，古兹马和布尔美丽以及几名骷髅队的成员观看了比赛。