随著战地政务管制的解除，农委会积极辅导连江县政府进行相关的生物资源调查与研究，已初步完成植物及鸟类的调查工作，其中鸟类纪录已多达二五○种。

成立时间：2000年1月26日

面　积：71.6166公顷

地理位置：双子礁、三连屿、中岛、铁尖岛、白庙、进屿、刘泉礁、蛇山等八座岛屿陆域、及其低潮线向海延伸100公尺内之海域

管理机关：连江县政府

主要保育对象：岛屿生态、栖息之海鸟及特殊地理景观

马祖各岛屿基盘全由花岗岩所构成，岛礁数量众多但面积狭小，地型多丘陵，崎岖不平，土地贫瘠，陆上物种较为稀少，海洋物种及渔产则相当丰饶。

马祖列岛因土地面积狭小，全区缺乏高山，终年季风强劲，再加上雨量不足的影响，原始的植物相大抵为草本植物与灌木群丛相混合的植物生态，可见于大部份未开发的山顶或斜坡间。经过农委会多年的辅道造林后，许多地区的植物相已被高大的人工林所取代，如今马祖已是满眼绿意盎然、古意十足的景象，俨然成为蔚然大海中的一座绿色城堡。此地的植物生态大约可归纳为四大类型：

1. 灌木群丛：为马祖地区原生的植物社会，现今因人为开发及造林的影响，仅生长于迎风的向阳坡，而原本许多珍贵及特有植物如红花石蒜、马祖百合、马祖紫檀、马祖野梨、流苏树等皆产于其中，宜特别注意其族群的变化或采取适当的保护措施。

2. 人工植物社会：马祖自1956年起开始造林，种植树种亦如台湾地区使用之相思树、苦楝、黑松、木麻黄、银合欢、台湾榉、樟树等，大都已成林，林相生长茂密，林下植被则相当单纯，郁密的人工林虽达成国土保安的目的，却也同时扼杀了许多本地原生植物。未来应优先以适应马祖地区特殊环境气候之原生植物为考量，建设复合之林相，以稳定生态系功能。

3. 芦竹、五节芒群丛：马祖诸岛屿土层贫薄，植被相维持于演替初期状态，植物组成单纯，紧密繁生，常占据山头之开阔向阳地，并间生有大量早期移植野化之龙舌兰、王兰、琼麻等植物。

4. 耕地杂草：以一年生草本植物为主要组成份子，常出现于废耕地、破坏地及道路之两旁。

马祖列岛过去因交通不便，又属军事管制区，因此生物基础资料较为缺乏，农委会正积极辅道连江县政府进行地区之相关动物相调查工作，初步记录陆上物种较不丰富。但因为多年环境绿、美化功效卓著，连江县政府广植蜜源植物-马樱丹等，因此蝴蝶之种类与数量皆相当丰富，将来如能妥善规划，其观光潜力将无可限量。

马祖最具地方特色的生物资源是丰富的渔场及鸟类生态。由于位处世界著名渔场-舟山群岛西南端，暖寒海流相汇，渔产丰饶，并因花岗石岩岸地形，海水全年清澈，形成优良之矶钓场，黄鸡鱼、黑鲷、黑毛、鲈鱼、黄鱼、黄鳍鲷、嘉纳、红甘等都是本处常见的经济鱼种，其他如鯷鱼、鲱鱼等小型鱼类除可供渔获外，更可充分供应海鸟所需食物来源。由于地处于东亚候鸟迁徙路线之中继站，因此每年皆吸引无数鸟类在此过境、渡冬或繁殖。此外，马祖地理位置接近大陆而离台湾较远，因此出现的鸟种和台湾地区者差异度颇高，尤其是一些在台湾地区被列为迷鸟或稀有的鸟种，在此地却踪迹常现，更增添马祖地区在鸟类资源保育上的重要性。

本次连江县政府所规划的“马祖列岛燕鸥保护区”包括东引乡之双子礁，北竿乡之三连屿、中岛、铁尖岛、白庙、进屿，南竿乡之刘泉礁，莒光乡之蛇山等八座岛屿，面积共约七十二公顷（陆域十二公顷、海域六十公顷），主要保护对象为以这些岛屿作繁殖地区的白眉燕鸥、红燕鸥、苍燕鸥、凤头燕鸥、黑尾鸥、岩鹭、叉尾雨燕等七种鸟类。根据调查，近两年在保护区预定地繁殖的燕鸥数量已达上万只，其数量与密度皆不亚于澎湖猫屿海鸟保护区，其中白眉燕鸥、苍燕鸥为保育类鸟类，凤头燕鸥数量则为全国之冠，黑尾鸥之繁殖纪录更为全国唯一发现地区，弥足珍贵。此外，亦发现有红喉潜鸟、大水雉鸟、穴鸟、短尾水雉鸟、丹氏鸬鹚、黑头鷿鷈、海秋沙、唐白鹭等多种稀有或保育类鸟类在岛礁上停留之纪录。

保护区各岛屿除少数草生地覆盖外，皆为裸露的花岗岩块，其植物相以菊科、蕃杏科植物为主。岛屿附近海域为暖、寒海流南北相汇之处，为海洋回游生物栖息繁衍场所，因此渔产资源丰富，充分供应海鸟的食物需求。

各岛屿均属无人岛礁，为未登录土地，尚待办理测量与登录。其邻近海域渔产丰富，平日除渔民前往捕鱼及捡拾海产外，人烟罕至，造就众多海鸟聚集与繁殖之场所。惟近年来大陆渔民越域捕鱼，炸电鱼情况日益严重，并有少数渔民不时上岸捡拾海螺、鸟蛋及采取治风湿痛之药用植物海芙蓉等，使得岛屿及附近海洋生态被破坏，而本保护区的设立，正可透过实际经营措施，加强对本海域的管理，以兼顾自然生态保育与海域防护之功效。

保护区各列岛以往除少数部份外，均曾为国军演习射击时炮击目标，严重影响岛屿原始风貌及海鸟栖息环境，甚至造成大量燕鸥死亡。马祖防卫司令部已同意停止一切对有燕鸥繁殖岛屿之射击活动，此正显示国军对生态保育工作观念的转变与提升。

本保护区预定岛屿皆属无人岛，然为因应岛礁周边海域炸鱼、滥捕行为及观光事业发展后人为所产生的干扰等，因此须有分区规划的设计，分别订定管制事项。

（一）核心区：各保护区陆域部份，面积约十二公顷。

因邻近海域渔产丰富，大陆及马祖地区渔船作业频繁，为防止人为干扰与破坏，特划定岛礁陆域部份为核心区，并订定管制事项：

1. 全年严禁民众攀登或进入核心区，但为学术研究或自然教育目的者不在此限，惟须先向主管机关申请许可后，使得为之。

2. 非燕鸥繁殖季节（每年十月至翌年三月），渔民得登岸采撷贝类或海（紫）菜，但不得违反野生动物保育法相关管制事项。

（二）缓冲区：各保护区岛礁低潮线向海延伸一○○公尺内之海域部份，面积约六十公顷。

为因应马祖发展之观光事业，将来势必带动大量人潮涌入，为避免干扰海鸟之行为，特划定本区管制。本缓冲区内严禁按鸣喇叭、放鞭炮或烟火、喂饲海鸟或其他干扰海鸟之行为。

（一）本保护区公告实施后，应立即拟定保育经营管理计画，配合警政署水警队加强执行巡查、取缔等工作，并印制海报，于出海港口设立公告、解说牌及办理各项保育宣道教育等活动，以落实资源保育及海域防护的工作。

（二）持续进行马祖列岛生态环境及海鸟生态之调查与研究，建立基础监测资料，以作为保护区经营管理之参考，并增进国人对燕鸥生态之了解，进而建立保育之共识。

（三）为兼顾保育与经济成长，连江县政府宜主动积极规划相关之生态旅游方式与管制措施，发展合乎保育潮流的观光活动，以确实落实自然生态资源保育及达到地区永续发展的成效。