马桂源（1843年（一说1813年）—1873年），清末西宁回民起义首领。原名马归源，原籍甘肃河州(今临夏)，后移居西宁。伊斯兰教花寺门宦教主，西宁回民总约。同治元年(1862)清廷采取绥靖政策，青海办事大臣玉通解散西宁团练，保举他为循化厅同知。同治四年(1865)丹噶尔厅同知借口穆夫提门宦将起事，而屠杀城内回族。于是花寺门宦与穆夫提门宦联合起来，共同反清。他利用玉通所予“西宁知府”之职权，支持马文义起义的军事行动。一时起义军控制西宁府所属地区，发展生产，重修孔庙，扩建清真寺，并且改善了民族关系。坚持十余年后西宁府城失守。他又率余部转移退往巴燕戎格厅。清军追击，又退至扎巴什城。十二年(1873)二月他在扎巴什东山被捕，解往兰州杀害。

咸丰十年（1860年），接替其兄马复源执掌华寺门宦教权，承袭巴燕戎格厅（今青海省化隆回族自治县）和循化厅总约世职，以曾戴五品蓝翎，被教众奉为“顶子太爷”。咸丰末年，马文义在巴燕戎格厅首倡起义，马桂源号召教众响应，并成为这支起义军的首领。同治二年（1863年）率部围攻西宁城达半年之久，迫使西宁办事大臣玉通出面主持“抚局”，马桂源署循化同知，同治七年（1868年），署西宁府知府。其兄马本源署中营游击，护西宁领总兵篆。

兄弟二人在回民聚居的西宁东关筑起土城，扩建东关清真大寺高逾城墙。同时倡议修缮孔庙，会同汉民商绅成立维持社会治安机构，并下令各地修整渠道。在其治下的汉民纷纷改信伊斯兰教，史称：“西宁八属汉民，尽随其教，马智元（桂源）兄弟格外庇护，得以安业”。

同治十一年（1872年）正月，河州马占鳌降清后，马桂源以西宁知府身份前往安定（今甘肃定西）左宗棠大营与之周旋，得知其决计进攻西宁，即返回布防备战。同年八月“抚局”破裂，马桂源兄弟毅然与退居西宁南川一带的陕西回军联合继续抗击清军，公推马本源为“统领河湟陕兵马大元帅”，组织各路回军在小峡一线与清军浴血鏖战，终因众寡不敌而退守巴燕戎格，后被清军沈玉遂、马占鳌设诈诱捕。同治十二年（1873年）春，马桂源、马本源被押解兰州处死。