马来西亚全国性联赛举办于1979年，1989年创办马来西亚首要联赛，即M联赛，并分成甲组和乙组两个级别，但1994-1997年没有分甲乙组。2004年创办马来西亚超级联赛以取代首要联赛，马来西亚首要联赛则分为AB组两个级别作为次级和三级联赛。2007年马来西亚首要联赛取消AB两个级别仅作为次级联赛。
80年代末，30名官员被选派到西欧考察，一年之后，包括14支州队和文莱、新加坡2支国家队的全新联赛开幕，称之为“马来西亚半职业联赛”，为亚洲最早开始职业化的联赛。
90年代初期，马来西亚联赛基本上被各种赌博集团所控制，看出的盘口各种各样，赌博的花样百出。据马足总统计，1994年马超级联赛的240场比赛，高达85%的场次战果被操纵，只有36场是清白的。1994年马足总掀起了著名的“大清洗”运动，短短几个月时间，逮捕并且处罚了85名球员和教练，几乎涉及所有俱乐部，而当时整个马来西亚联赛，仅仅只有400名左右的球员。
在2017年年底亚足联官方网站公布的该年度最后一期亚足联技术评分中，马来西亚的评分超过了中国香港，因此获得了2019、2020赛季的一个亚冠正赛名额，这一名额归属于联赛冠军球队。此外，马来西亚还有一个资格赛名额，归属于联赛亚军。作为2017～2018马来西亚超级联赛冠军，柔佛新山成为第一支参加亚冠小组赛的马来西亚球队。
马来西亚超级联赛(Malaysia Super League)，取代M联赛（M-League）作为马来西亚的顶级职业联赛，榜尾两支球队降入马来西亚首要联赛（Malaysia Premier League）。