马来人种，是早期人类学家对中南半岛南部与南太平洋群岛人种的一种划分，在19世纪和20世纪初马来人种常被用来形容南岛民族。最初由德国科学约翰·弗里德里希·布卢门巴赫提出。主要分布于马来群岛、波利尼西亚、密克罗尼西亚、美拉尼西亚、中国台湾地区、日本南九州、复活节岛、马达加斯加。

遍及两大洋的南岛居民，直接源于中国大陆的广大地区

在殖民时代之前，南岛民族是世界上分布最广泛的族群，其范围西至非洲的马达加斯加岛，东至南美智利的复活节岛，南至新西兰，北至中国台湾岛，几乎遍及太平洋和印度洋。南岛民族的语言被划分为南岛语系，包含了世界上五分之一的语种。

长期以来，人类学家对南岛民族的起源和扩散过程都非常感兴趣。部分语言人类学家认为，南岛语系下有四个语族：泰雅语族、邹语族、排湾语族、马来波利尼西亚语族，其中前三个都只分布在台湾岛，所以整个南岛语系应该起源于台湾岛。但是越来越多的学者认为，南岛族群与中国和东南亚大陆的侗傣族群在语言文化方面相似之处非常多，可能都起源于中国古代的百越民族，而分化成南岛民族的过程不一定是通过台湾岛。2008年一项关于《南岛西部人群和侗台人群的父系遗传关系》的研究，由复旦大学现代人类学教育部重点实验室与台湾慈济大学、印尼艾克曼分子生物学研究所、越南顺化医学院、广西医科大学等合作完成。

该项研究自2000年开始，调查了中国大陆侗傣民族的30多个群体、印尼和越南的南岛民族23个群体和台湾少数民族的11个群体，分析了这些民族的Y染色体多态性，发现他们最常见的Y染色体类型都是O1a型。这种类型在其他类群的民族非常少见，比如孟高棉民族、苗瑶民族和汉藏民族都鲜有这种类型。而在侗傣和南岛族群中都占四分之一左右，在台湾有些民族中甚至到达100%。这首先证实了南岛民族与大陆的侗傣民族有极为密切的遗传关系。

课题组对于O1a型内部多样性的分析进一步发现，大陆侗傣族群的多样性最高，而台湾原住民高山族和马来族群等南岛语系民族的类型都只是从侗傣族群的类型中分别延伸出来的。台湾高山族和马来族群的类型没有直接的联系。对这些族群中的其他Y染色体类型的分析也得到类似的结果。这一证据否定台湾作为南岛民族故乡的观点，反而认为台湾原住民高山族和其他南岛语族分别起源于中国大陆的古侗傣族群，支持把这三个类群归并为一个更大的分类学概念——澳泰族群。

根据调查分析，整个澳泰族群发源于大约三万年前的中国广东沿海。大约两万年前，台湾族群的祖先开始从广东、广西的南方沿海通过当时还露出海面的台湾地峡向台湾迁徙。而在大约一万年前，马来族群的祖先离开北部湾的越南和广东沿岸，沿着越南的海岸向南迁徙，一直到达马来半岛和印度尼西亚。大约3000年前，印度尼西亚的马来族群开始向太平洋和印度洋的深处探索，到达了夏威夷、复活节岛、新西兰和马达加斯加。

这一结论对于人类早期移民过程的研究意义重大，改写了南岛民族的史前史。

在此之前有另二种说法，来自中国云南或就起源于马来群岛。

云南起源，主要的支持者有R.H Geldern, J.H.C Kern, J.R Foster, J.R Logen, Slametmuljana 和Asmah Haji Omar等。依据如下：

1.在马来群岛发现的古老斧头，与南亚的某些地区类似，说明有南亚居民移民马来群岛。

2.马来族的风俗与阿萨姆地区类似（阿萨姆是印度与缅甸之间的地区）。

3.马来语与柬埔寨的高棉语相似，而高棉人又被认为来自于云南，当年他们沿着湄公河南下到柬埔寨。

云南起源说被广大人群所接受，马来西亚的中学历史课本中都介绍马来人起源于云南。依此学说，马来人的祖先分二批在不同年代从云南迁移到马来群岛。这二批马来人的祖先分别称为原始马来人（马来文：Melayu Proto）及混血马来人（马来文：Melayu Deutro）。原始马来人及混血马来人又合称南岛人（马来文:Indonesian），二者的文化为新石器时代的文化。南岛人其实是最后移入马来群岛的人群。之前迁入的有澳大利亚人种（英文：Australoid），尼格利陀人（英文：Negrito）和美拉尼西亚人（英文：Melanesoid）。

支持者有J.Crawfurd、K.Himly、Sutan Takdir Alisjahbana和Gorys Keraf等。论据如下：

1.马来人和爪哇人在19世纪都有很高的文化。能达到这种成就只有不断发展的本土古老文化才能达到。以此说明马来人并非来自任何地方。而是土生土长。

2.K.Himly不同意马来语与柬埔寨语相似。认为二语相似只是表面印象，没有足够理据。

3.爪哇岛发现的梭罗猿人和维杰人。化石表明马来人是马来群岛起源，可能马来人就是来自爪哇岛。

4.马来群岛各族的语言与中亚属于印欧语系的语言有异。

马来群岛起源论在马来西亚只得到极少数人的支持。

马来人的基本外貌特征为：肤色浅棕，头发长而直，体毛髭须较少，部分人无髭。圆颅形。眼睛较大，鼻高而直，唇偏厚。身高中等偏低。

但马来人中不同民族的体貌特征也有区别。一些民族（如陆达雅克人）长期隐居在昏暗的热带雨林中，少见阳光，因此肤色白皙。还有一些民族（如帝汶人）混有澳大利亚人种血统，因此肤色更深，体毛发达。

密克罗尼西亚人、美拉尼西亚人是马来人种与澳大利亚人种巴布亚人的混合类型，均属南岛语系，但巴布亚人不属于南岛语系。

波利尼西亚人与马来人有较明显的差异，他们身材高壮，肤色轻浅至古铜色，直发至波发，体毛略多，高颅，面部高阔，正颌，鼻骨突出，眼眶略高，看起颇像欧亚混血人种，兼有一些蒙古人种特点，铲形门齿出现率较高，蒙古斑出现率95%。分子人类学证实了波利尼西亚人的基因出自亚洲，常染上与东亚人的遗传距离很近，但美洲印第安人与东亚人的遗传关系偏远。其独特体质也许是在隔绝的孤岛中独立进化的结果，与欧洲人没有密切的遗传关系。