马文昭（1886年5月31日—1965年12月13日），河北保定人，组织学家，医学教育家，中国科学院学部委员，北京医学院教授、院长。

1886年5月31日（清光绪十二年农历四月二十八日），马文昭（字筱乾）出生于河北省保定市西关厢一个农民家庭。由于家庭经济拮据，他幼年就开始参加劳动。因为家人信仰基督教，所以他能在教会学校半工半读。

1905年，从河北省通县潞河中学毕业，被资送到河北省通县协和书院学习，在校中仍是半工半读。

1910年，从河北省通县协和书院毕业，并升入北京协和医学堂。

1915年，从北京协和医学堂毕业。

1915年—1916年，担任北京协和医院住院医师。

1916年—1918年，担任山西汾阳医院医师。

1918年—1919年，担任河北省通县潞河医院医师。

1919年—1920年，在北京协和医学院解剖科进修，在美国细胞学家考德里（E.V.Cowdry）的指导下学习组织学解剖学科。

1920年—1921年，被选送到美国作为师资培养，在美国芝加哥大学解剖科进修，导师是本斯利（R.R.Bensley）。

1921年—1940年，担任北京协和医学院解剖学科助教、讲师、助教授。

1928年，再度赴美芝加哥大学解剖学科进修一年，返校后担任助理教授职务。

1940年—1942年，担任北京协和医学院解剖学科襄教授。

1940年—1941年，担任美国圣路易华盛顿大学细胞学科客座教授。

1942年—1945年，担任北京大学医学院解剖学科教授。

1945年—1946年，担任北京大学第六补习班主任。

1945年—1953年，担任北京大学医学院解剖学科主任、教授。

1946年—1947年，担任北京大学医学院院长。

1947年，辞去院长职务，仍担任解剖学科主任。

1953年，全国高等院校调整后，北京大学医学院独立成为北京医学院，马文昭担任了组织学胚胎学教研室主任。

1953年—1965年，担任北京医学院组织学胚胎学教研室主任、教授。

1956年，到苏联参观访问；同年，中国科学院成立，当选为中国科学院学部委员（院士）。

1965年12月13日，因患肺癌病逝于北京。

马文昭用活体染色和固定切片等方法开展了线粒体和高尔基氏体在生理和病理状态下形态学变化的研究。1928年再度赴美国芝加哥大学研究院进修，进一步研究线粒体和高尔基氏体在细胞中的机能，指出这两种细胞器是细胞各种代谢机能最主要的结构，它们随着细胞机能的亢进和衰退而增长和减少。1949年建立了细胞学研究室，开展了关于卵磷脂对细胞作用的研究，探讨磷脂对皮肤增生、创伤愈合以及临床皮肤病、神经衰弱等疾病的作用，为卵磷脂在临床上的应用开辟了途径。

根据2021年8月北京大学医学部网站显示，马文昭先后发表论文60余篇。1963年，编写专著《磷脂类对于组织的作用》。

1949年，中华人民共和国成立，中央卫生部首先下拨一笔经费为马文昭建立了一个细胞学研究室，并为他配备了两名应届毕业生和技术人员，同时他还接受了一批解放军医学校的青年解剖学教员到研究室进修。

马文昭医学教育事业上为国家培育了大批人才，在组织学、细胞学的研究上做出了许多贡献。数十年如一日孜孜不倦勤奋工作，他是一位在医学教育和科学研究上杰出的科学家。（《吕梁日报》评）

马文昭是中国组织学、细胞学的奠基人，也是中国解剖学界的先驱。（《解剖学报》评）