亚马逊河源头。源出秘鲁中部劳里科查(Lauricocha)湖之上的覆雪安地斯山区，距太平洋约160公里(100哩)。向西北流经高3,650米(12,000呎)的向风高原，并在安地斯山脉切出深邃的峡谷。中段通过高地丛林形成一系列无法航行的急滩瀑布。在最壮观的急滩彭哥·德麻塞里奇(Pongo de Manseriche)後，马拉尼翁河只比海平面高175米(575呎)。剩下的1,415公里(879哩)河道蜿蜒东流，经过炎热、人口稀少的雨林区，接纳瓦亚加(Huallaga)河。在瑙塔(Nauta)下游与乌卡亚利(Ucayali)河汇流，形成亚马逊河。

亚马逊河上游的主支流。发源于秘鲁西部安第斯山脉。河流先向西北流，再转折向东，在瑙塔附近同乌卡亚利河汇合成亚马孙河。全长1600 千米。上游穿过安第斯山的深谷，中游多急流瀑布，下游流经人烟稀少的热带雨林区。主要支流瓦亚加河。庞戈-德蒙塞里切以下可通航。

马拉尼翁河左岸较大的支流有帕克查(Paccha)河、查马亚(Chamaya)河、切涅帕(Cenepa)河、圣地亚哥河[Santiago，该河还有2条支流：保持(Paute)河、萨莫拉(Zamora)河]、莫罗纳(Morona)河、帕斯塔萨(Pastaza)河、努库赖(Nucuray)河、乌里图雅库(Urituvacu)河、钱比拉(Chambira)河和蒂格雷(Tigre)河[该河还有以下支流汇入：平多雅库(Pindoyacu)河、科纳姆波(Conambo)河、唐加拉纳(Tangarana)河和科里思特(Corrientes)河]等。右岸主要支流有伊马萨(Tmaza)河、涅瓦(Nieva)河、瓦亚加河、萨米里亚河(Samiria，该河为黑水河)等。马拉尼翁河主要支流瓦亚力0河发源于秘鲁安第斯山脉塞罗德帕斯科附近，向北流100km左右到瓦鲁科，然后再向东流，又折向北，在迈普科上游约100km处注入马拉尼翁扣1，全长11 40km，流域面积9.5万平方公里，年降雨量400～1400mm，该河还有以下几条支流汇入，阿皮珊科(Apisancho)河、瓦姆波(Huambo)河、比亚波(Biabo)河和马约(Mayo)河等。马拉尼翁河另一重要支流帕斯塔萨河发源于厄瓜多尔帕米拉以东30km附近，有帕罗拉(Palora)河、波波纳萨河(Bobona2a)和瓦萨加河(Huasaga)等支流汇入。