厦门市马巷中学创办于1985年8月，旧校区地处闽南文明古镇——马巷镇区，占地只27亩。校名为“福建省同安马巷中学”， 93年5月改名为“福建省同安第十五中学”，97年5月改名为“厦门市同安第十五中学”，98年7月 经厦门市人民政府批准升格为职业高中兼办初中的学校，02年6月根据上级的统一要求改职业高中为职业中专，同年9月经厦门市人民政府批准更名为“厦门市马巷中学”。 06年8月经批准，初中职分离为，初中名为：“厦门市马巷中学”。

2004年新区成立以来，教育教学质量一直走在全区的前列，自04年起，中考P值一直在全区的前五：04年第四、05年第一、06年第五、07年第四、08年前三。培养的优秀生比例更是在区的前列，2004年有两位同学中考成绩获全区第二、第三；2005年一位同学中考成绩获全区第三；07年一位同学中考成绩获全区前十；07年语数英总分400分以上4人，08年语数英总分400以上12人，都是全区第一。08年全区的中考总分第一名和第三名的同学都出自马中。学校还是体育的强校：第一届区中小学生运动会，取得团体总分的第三名和初中校的第一名。2007年获市委、市政府表彰为参加省第十三届运动会先进单位。学校是省、市的绿色学校，环保教育持续开展，到新校区，学校将力创国家级绿色学校。在旅新加坡华侨的支持下，学校是较早引入多媒体先进技术的学校。学校现在是市级文明学校，并曾于前面荣获两届市“文明学校”称号。

新校区是翔安新区成立以后，在厦门市教育资源整合背景下开工建设的，2008年9月初完工。校区总占地面积近120亩，项目第一期总建筑面积27000平方米，主要包括：教学综合楼三座、实验综合楼一座、图书馆含办公楼一座、艺术楼一座、学生食堂、宿舍两座，400米跑道的运动场等配套设施。一期主体项目总投资6千多万元。远期还规划设计有教学楼、实验楼、综合楼、宿舍楼、体育馆各一座。学校克服了种种困难，于2008年8月着手搬迁工作，在9月1日正式举行开学典礼。现在，学校的教育教学秩序越来越走向正常，学生的学习、生活步入了正轨。

过去，学校曾在全区面积较小、条件较差的校园里，争创出全区教育教学效果较优异的成绩；今天，在全区面积较大、硬件设施较好的校园里，学校上下有信心在彰显“马中”精神的“奋争先图至远”校训的引领下，在各方面都“更上一层楼”，争取早日成为翔安区的“窗口学校”，厦门市的教育强校。