马尾沟公交车站是北京交通网络重要站点之一， 经过马尾沟的线路有73路，19路，专6路公交线路。

马尾沟站经过的公交线路有北京公交73路，北京公交19路，北京公交专6路。

北京公交73路

北京公交73路站点

上行：地铁海淀五路居站-恩济里小区北-地铁慈寿寺站-慈寿寺桥-七贤村路口南-岭南路西口-岭南路-航天桥北（南行）-航天桥北（北行）-增光路西口-增光路-增光路口东-百万庄西口-百万庄中街-百万庄东口-马尾沟-阜成门

下行：阜成门-阜外医院-马尾沟-百万庄东口-百万庄中街-百万庄西口-增光路口东-增光路-增光路西口-花园桥南（北行）-花园桥南（南行）-岭南路-岭南路西口-七贤村路口南-慈寿寺桥-地铁慈寿寺站-恩济里小区北-地铁海淀五路居站

北京公交19路

北京公交19路站点

上行：动物园枢纽站-北京展览馆-二里沟东口-三塔寺-车公庄西-马尾沟-阜外医院-南礼士路北口-月坛公园-北京儿童医院西门-南礼士路南口-真武庙-西便门外-天宁寺桥北-广安门北-广安门内-枣林前街路口北-白纸坊-南樱桃园路口南-右安门内-右安门-右安门外-翠林小区

下行：翠林小区-右安门外-右安门-右安门内-南樱桃园路口西-白纸坊-枣林前街路口北-白广路北口-广安门内-广安门北-天宁寺桥东-西便门外-真武庙-南礼士路南口-北京儿童医院西门-月坛公园-南礼士路北口-阜外医院-马尾沟-车公庄南街-三塔寺-二里沟东口-北京展览馆-动物园枢纽站

北京公交专6路

北京公交专6路站点

上行：阜成门-阜成门外-阜外医院西门-车公庄南街-车公庄北街-榆树馆东里-西直门公交场站-西直门

下行：西直门-榆树馆东里-车公庄北街-车公庄南街-马尾沟-阜成门北-阜成门