顺治三年仅 （1646年），随宁夏总兵刘芳名剿镇李自成余部。“时李自成将贺珍、贺弘器、李明义等分据汉中、兴安，固原诸地，窥西安。”马宁与游击张勇将其打败。顺治四年攻克固原，俘获贺弘器、李明义。
顺治五年（16488年）三月。河西四米喇印、丁国栋在甘州（今张掖）杀甘肃巡抚张文衡等，起兵反清，以故明延长王朱识图为号召。队伍南下，于四月连’克凉州（武威）、兰州、临挑、洮州（临潭）、河州（临夏）、岷州。围攻昌，势如破竹，有“众十万，号百万。关辅大震。”清廷命陕西总督孟乔芳率兵镇压。孟乔芳进驻秦州（天水）。派马宁、赵光瑞等解巩昌之围，马宁和回军大战广武坡。得胜，“又冲杀七十余里，杀回贼三千，余众悉溃”，巩昌之围遂解，孟乔芳再分兵三路，进击回军所占各州县。“副将马宁、刘友元、游击张勇破回贼于临挑内官营，斩获甚众”。临挑、河州、挑州州相继被官军攻陷。马宁在战斗。中“剿贼有功，委为副将，提督中军事务”。
顺治五年五月，清军三路会攻兰州。朱识镰在马家坪被俘杀。马宁和张勇、赵光瑞等会师兰州城下，占领兰州。回军渡河西撒。清军追攻，战斗转向河西。河东大部地区被平定。顺治五年五月孟乔芳疏报：“官兵大破叛回于巩昌、临挑、兰州等处，城邑俱复。”
顺治五年七月，清军占领凉州。同月，河州回民再次反清，马宁等“差人去城下，唤出叛回头目十数人。伸宣朝廷神武不杀，再三抚慰。方始俯首受招”，再次将河州地区的回民反抗平息下去。八月。清军进抵甘州，马宁州，马宁直接参与对甘州的进攻。甘州回民”占据城楼。火炮弓箭络绎棋置”。清军“分布掏壕。四面攻围，不时对敌，客主犄持数月”，至十一月二十三日，城内回民“食尽兵疲”，总兵南一魁进城招降，回兵“仍踞城头，排列火炮，不肯下城，不纳器甲，迁延两月。把守城门，不容官兵入。”总兵张勇“运梯扒城，有正红旗满州官兵由西城先上，与同督标中军副将马宁、赵光瑞等自西南角析杀至西北角”，回军“拼死拒敌”，“退出北关，仍复死守”。在城外三十里北观音山和官军大战周围二十里血流成川，尸积如山。”顺治六年（1649年）二月，清军占领甘州。五月，清军到达肃对。甘对被破后，城内百余名“缠回”（维吾尔）被杀，丁国栋到肃州后，联合关外穆斯林，立“缠回”土伦奉为王，形成关内外穆斯林联合反清形势。肃州深壕高垒。城池坚固。清军从四面包围。但不敢进攻，只在城内回民外出”放牧时伺机截击。此时适有大同总兵姜攘反清，孟乔芳东调平定，攻拔肃州交马宁、张勇。相持半年余，顺治六年底（165 0年初），清军总攻，“副将马宁等竖架云梯攻克此城，斩上他泰，生擒丁国栋、黑二，复克肃忆“①米喇印、丁国栋反清最后被平定，马宁“叙功加都督同知”。