崇祯六年(1633)举人,为四川
广安知州。
夔州(今重庆
奉节)告急,四川巡抚邵捷春令马乾管理夔州府事务。
张献忠带兵入蜀,攻围三十余日,在马乾固守之下没有陷落。督师
杨嗣昌遣兵解围。升
川东佥事,驻守
达州。
弘光元年(1645),与冯良谟(
六合人,崇祯十五年举人,历任
涪州知州、川东
参议、
太仆少卿)遣
曾英、
于大海、
李占春、张天相等人率军收复
重庆府,击走贼将刘廷举。马乾驻守重庆,曾英驻守
佛图关。因功升任
右佥都御史,巡抚四川。
大学士、
巴县(今
重庆)人
王应熊赋闲在家,弹劾马乾淫掠不法。朝廷下令夺职逮讯,而道路梗塞,政令不能到达,马乾行事如故。马乾与曾英一起,击退张献忠部将
刘文秀的数万大军。
隆武二年(1646),督
王祥、王启、陈世贤、冯朝宣、杨震文进攻
合州(今重庆
合川)。十二月,清军逼近重庆,王应熊命马乾驻守四川
内江。左右劝说内江不可守,马乾说:“遇敌而死,吾之分也。”马乾拒绝了清朝四川巡抚
王遵坦的招降,回答说:“封疆之臣,应死封疆,此我毕命之日也。”
永历元年(1647)二月,清军进攻内江,血战二十余日,弹尽粮绝,马乾不屈而死,守将邓九韶降清。卒赠
兵部尚书。