2018年12月18日，香港特区医院管理局公布，香港儿童医院将于18日起分阶段开展临床服务。其中肿瘤科、肾科及先天性新陈代谢科的专科门诊率先启用。为配合临床服务，病理科、放射科及药剂部亦已同步投入运作，提供服务。
香港儿童医院作为第三层专科转介中心，会集中处理需要跨专科治疗的严重、复杂及患不常见疾病的儿科病人，为香港18岁以下有关临床需要的病童提供诊断、治疗及康复服务。首批预约到专科门诊复诊的病童来自玛嘉烈医院的儿童肾科，以及玛丽医院与
威尔斯亲王医院的儿童肿瘤科。先天性新陈代谢科则会跟进特区政府“初生婴儿代谢病筛查计划”下化验结果异常的婴儿情况。
医院其他专科的门诊及住院服务2019年起陆续开展，包括肿瘤科、肾科、小儿外科、儿童深切治疗部、新生儿深切治疗部、心脏科及心胸外科。医院发言人指出，香港儿童医院不设急症室或普通门诊，开院初期只提供复诊服务予符合指定临床情况的专科门诊病人，暂不接受新症转介。