首都医科大学中医药学院创建于1978年，是北京市属医科院校中唯一一所培养高级中医药人才的院校，2002年进入首都医科大学，成为其二级学院。学院现设六学系一中心：即中医基础学系、中医临床基础学学系、针灸推拿学学系、中医临床方药学系、中药药剂学学系、中药资源学与中药化学学系及中医药学实验教学中心。 首都医科大学学院现有研究生、本科生、成人高等教育等多种办学层次。同时拥有中医学、中药学两个一级学科硕士学位授权点。在中医临床基础、
中医医史文献、中医诊断学、方剂学及中药学方向招收研究生。正积极准备条件开展七年制教育和博士研究生教育。学院现有中医学及中药学2个本科专业。
学院现有学生600余人，教职工67人，其中正
副教授、正副主任医师、讲师等专职教师50人，教师中博士14人，在读博士4人。拥有一支结构合理、实力雄厚的师资队伍，并拥有高益民、李广钧、周跃庭、
钱英、
杨宝琴、
高忠英等一批
国家级名老中医，为
北京市及全国培养高质量实用型的中医药高级专门人才。20多年来，已为北京地区培养输送了毕业生2000余人，其中大多数已成为中医药行业的骨干。
学院十分重视中医药学科建设和科研工作。在中医学、中药学二个一级学科中确定
中医临床基础学为优势学科，
中医医史文献学科为特色学科，中药制药学为重点建设学科，
临床中药学为重点扶持学科，其他均为教育必需学科。并制定了以“一优一特一重点一重点扶持”4个二级学科建设为重点的学科发展战略，同时在教育必需学科建设中全面推进二级学科的建设，突出中医与中药紧密结合、基础与临床紧密结合的中医药学科特色。中医临床基础学科以经典理论（
仲景、温病学说）指导临床证治研究为切入点，加强基础与临床的合作，开展中医药防治肝病、
代谢性疾病、老年病的研究，在病毒性肝炎、抗肝纤维化、脂肪肝防治等方面取得成果。中医医史文献学科从语言的视角对中医文献的语言规律、特点以及在医学理论发展中的地位、作用进行整理研究，已完成
中国古代医学要籍中重言的研究，并完成了中医症状语言数据库、消渴古籍网络等多个数据库的建设，目前正利用学校图书馆资源，深入开展文献数字客观化的研究工作。中药制药学科利用流体声能等新技术,对传统中药剂型进行改造, 在提取、精制、成型、增加稳定性等方面进行应用评价和推广研究。经过长期不懈的努力，学院先后获卫生部、
国家中医药管理局、市科委、市卫生局科技进步成果奖20余项。目前承担国家级、市局级课题20余项，另外学院还通过重点学科建设项目及专项经费等多渠道筹集资金，使学科建设扎扎实实地推进。
近年来，学院广泛开展对外交流，许多国家和地区的学者、专家来学院参观访问，并先后与
日本、
美国、
加拿大、
巴西、
以色列、中国
台湾地区、中国
香港地区等国家和地区的教学、医疗单位建立了友好合作关系，学院也多次派专家、学者出国参观讲学，为弘扬中国中医药文化而不懈努力。目前全院师生正以饱满的热情团结一致，
锐意进取，积极探索，立志建立一流的中医药学院，为实现
首都医科大学的“国内一流，国际知名”的目标而努力奋斗。
中医药学院的前身是1978年11月成立的
北京中医学院分院，隶属于市委教育工委和市高教局。1985年2月更名为
北京联合大学中医药学院。1986年6月北京卫生职工学院中医部并入学院，党的关系转入市委宣传部主管，行政关系由市卫生局、市教委双管，以卫生局为主。
建校以来始终坚持
党的基本路线和社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针和医药卫生工作方针，主动适应
社会主义经济建设和北京市中医药事业的发展，立足首都，面向全行业，面向基层；以本科教育为主，以培养综合素质的实用型人才为目标；突出中医特色，实现研究生、本科生、专科生、
普通高等教育、
高等职业教育、成人教育和西医学习中医教育等多层次、多类型的办学模式；强化管理，加强内涵建设，全面提高办学质量和办学效益，努力把学院办成首都高等中医药人才培养的重要基地和在职人员继续教育基地。
根据市教委、市卫生局的调整改革方案，中医药学院于2001年并入首都医科大学。学院要抓住这一重要机遇，调整布局，依靠中医药学科优势，借助首都医科大学基础医学、临床医学、研究生教育及相关学科优势，在巩固本科教育基础上，进一步发展七年制、第二学位和研究生教育，提高办学规模和层次。坚持继承与创新统一；坚持突出临床能力的培养，增强科研和对外交流能力的培养，向教学科研型转化；坚持依托中医药行业，积极开展产、学、研一体的教学改革和学科建设方向；坚持把素质教育贯穿于教育、教学全过程。按照中医、中药专业要求办出具有学院特色、有竞争力的优势专业。以科研为龙头，教改为动力，队伍建设为基础，全面推动学院发展，为创建一流的中医药学院而努力奋斗。