首善书院，原址在北京宣武门内。明天启二年（1622），都御史邹元标、副都御史冯从吾等创建。集同志讲学其中，与高攀龙、钟羽正、叶向高等相继在此议论时政，抨击阉党。遭给事中朱童蒙等弹劾，谓有东林之嫌，请予禁毁。时魏忠贤方得势，传旨：“宋室之亡由于讲学，将加严谴。”（《明史·邹元标传》）邹等据理力争，谓“宋之不竞，以禁讲学故”（《明史·冯从吾传》）。

书院始得保存。五年，御史张讷又请毁天下讲坛，阉党倪文焕等更诋其为伪学。是年八月诏毁天下书院，首罹其难。崇祯初年，礼部尚书徐光启等就此设历局，重修历法，三年修成我国最早参用西法的历书——《崇祯历书》。