飞鹅岭新石器时代遗址位于龙眼洞华南植物园内。遗址包括飞鹅岭及附近青山岗、菱塘岗等8个山岗。飞鹅岭海拔为62米，其余山岗为30-40米。车陂溪水从东南面流过，注入珠江，溪水宽约15米。

1956年暑假，中山大学地理系学生到此处测量实习，拾获有肩石斧等石器数十件。11月25日，中山大学历史系会同广州市文物管理委员会进行发掘。1957年1月又进行发掘。几次发掘仅限于几个山岗局部地区，深度约1米。共计出土石器有斧、锛、镞、凿、矛、环和砺石块等百件，其中90%以上为磨制石器；玉器有玉块、玉环等数件；陶器有夹沙粗陶、软质陶和方格纹、雷纹、夔纹等硬陶片一千余块，陶纺轮、陶网坠、陶碗若干个；此外还有残青铜斧刃部一段。据专家考证，这是距今2200—4000年前的新石器时代遗址。