2008年11月28日，位于内蒙古自治区阿拉善盟额济纳旗的中华人民共和国额济纳海关正式开关。辖区为内蒙古自治区最西部的阿拉善盟，总面积27万平方公里，边境线长733.48公里，所辖口岸为策克口岸。

2005年6月，国务院同意策克口岸常年开放并设立海关等联检机构。2006年9月，海关总署批准设立额济纳海关。2007年8月28日，额济纳海关筹备处正式成立并进驻策克口岸开展筹建和监管工作。2008年10月，额济纳海关筹建工作完成并顺利通过验收。经海关总署批准，于11月28日正式开关，对外开办海关业务。

策克口岸是内蒙古自治区第三大陆路口岸，对外辐射蒙古国多个资源富集省份，对内辐射蒙、甘、宁、陕、青等五个省区。策克口岸已成为我国西北地区连接国内外的重要交通枢纽、商贸中心、货物集散地和资源大通道。额济纳海关的成立和开关运作，必将为繁荣地方经济，支持和服务西部大开发发挥重要的作用。

2020年4月，被内蒙古自治区党委、自治区人民政府命名为“第九届内蒙古自治区文明单位”。

2020年11月20日，入选“第六届全国文明单位名单”。

2021年6月，额济纳海关党总支被中共中央授予“全国先进基层党组织”称号。

2022年4月29日，额济纳海关团支部被授予内蒙古自治区直属机关“先进团青组织”荣誉称号。