位点专一重组只需要很少的顺序同源性，它发生在两种DNA的专一位点上，如λ噬菌体整合到寄主大肠杆菌的
染色体DNA上，就是发生在入- DNA及宿主DNA的特定位点上。
非常规重组不是发生在固定位点上，而是发生在任意位点上，两个
DNA分子间可能只有几个碱基对的同源性，通常把由于转位因子引起的缺失、倒位等现象归于此类。
重组的种类繁多，分子机制和过程也很复杂，但DNA链的断裂和重接是最基本的重组机制。由于断裂后需要填平缺口和重新连接，这就牵涉到
DNA的复制合成，所以一些参与DNA复制和修复的酶都可能与重组有关。基因作为遗传的物质基础应该是相对稳定的，以保持生物的遗传性，作为一种生物而繁衍下去，但生物的基因并不是一成不变的，基因重组为生物的变异和生物进化增添了新的内容。
生物进化树显示：在低等的
大肠杆菌和
啤酒酵母中基本上没有非同源重组；某些高等真菌和原虫中，同源重组和非同源重组大体各占一半；到了线虫和
果蝇等
无脊椎动物中，同源重组在所有重组事件中比例已经很小，而在哺乳动物中这一比例是最小的。
“回归机制” (fallbackmechanism ) 的理论具有一定权威性。这种机制假定，当
染色体DNA发生双链断裂时，距离中心粒较远的DNA将在下一个细胞分裂周期中丢失。因此，通过非同源重组将脱落的DNA片断随机地连在染色体的任何一个地方，都比让它们完全丢失更有利。这是一种保持染色体完整性的方法，对动物个体的存在是有利的。