青海大学马克思主义学院其前身是青海大学社科系。1992年，在原青海大学中文系的基础上，与原校直属的马列主义教研室、德育教研室合并成立了社会科学系。2010年6月，成立思想政治理论课教学科研部，挂靠在社会科学系。2014年7月，成立马克思主义学院。
在清华大学马克思主义学院的帮扶下，青海大学成立马克思主义学院，
清华大学马克思主义学院与青海大学马克思主义学院签订了《清华大学马克思主义学院对口支援青海大学马克思主义学院工作协议》。按协议规定，清华大学马克思主义学院将选派一名教师赴青海大学马克思主义学院支教，专门从事本科生、研究生思想政治理论课程教学与研究，帮助、指导青海大学马克思主义学院提高本科生、研究生思想政治理论课程教学与研究工作；接收青海大学马克思主义理论相关专业的教师到清华大学进行学位课程学习或访学；组织两院专家、教授联合申报国家社科基金重大招标项目和重点项目、
教育部人文社科重大招标和重点项目、青海省社科基金重点项目；并派专家对青海大学马克思主义理论学科教师承担的科学研究项目进行具体的学术指导；支持和帮助青海大学马克思主义理论学科硕士点建设，为建成马克思主义理论一级学科硕士点、博士点创造条件。