长安客栈掌柜的房子传出火事，
娄桑误认为青冥是纵火犯，青冥因此蒙冤入狱。暖暖为了替青冥洗冤而寻求习褚的帮助，而
娄桑为了赌气，也决定找出青冥纵火的证据。在深入探访之后，娄桑、
徐暮云等人发现真正的纵火犯是客栈伙计舒秦。青冥得以洗刷冤屈。
为了报答青冥并证明青冥的价值，暖暖多次将妖物放入他人家中并让青冥去驱除。青冥得知真相后与暖暖发生争执，将暖暖一人丢在
褒斜谷山路中，后发现不对寻回时暖暖已被妖怪所抓，为救暖暖而受妖怪欺骗毅然自废双目，因剧痛而昏迷。暖暖以放过青冥为条件将自己的身体交给妖怪使用。青冥醒来后遇到
皇甫朝云一行人，向其寻求帮助。返回妖怪所在地后一眼看出暖暖被妖怪附身。朝云等人打败妖怪的同时暖暖也被妖怪重伤濒死。青冥发誓一定会找到暖暖的转世。
后朝云回到成都
飞羽基地，发现暖暖魂魄出现在熟睡的青冥身边。暖暖会给予朝云武器——太玄神威（青冥的最强武器），并让他转交给青冥。
与朝云等人分别后，青冥又踏上了旅程。没了裘暖的陪伴，青冥又回到受人轻视、误解的过去。守着与裘暖的约定，一面传道一面寻觅着她的踪迹……途中行经某村落，终于感应到与其相仿的气息，流离的生活遂告终止……
《轩辕剑外传：汉之云》有一“个性系统”，可以理解为每个游戏角色所特有的被动发动的技能。在《
轩辕剑五》中，这些“个性系统”除了包括那些对玩家队伍有帮助的“好个性”之外，还有一些给队伍带来负面影响的“坏个性”，每个人物的“个性”触发条件也有所不同。而在《汉之云》中，仅仅保留了“好个性”，给游戏的战斗增添了更多的胜利把握。