霍集占年幼时与其父、兄被准噶尔汗策妄阿拉布坦关押在伊犁。乾隆二十年（1755年）五月，清朝派兵灭准噶尔汗国，释放了波罗尼都和霍集占，命波罗尼都前往叶尔羌招抚旧部，霍集占留在伊犁。不久，阿睦尔撒纳在原准噶尔地区发动叛乱，霍集占乘机逃回喀什噶尔，组织人民借此机会摆脱控制，与清军展开战斗。
1758年秋天，定边将军兆惠统兵3000进攻叶尔羌，久攻不下，屯兵黑水河边，称为黑水营，坚守三月。1759年1月，清朝援军到达，大破大小和卓木军。大小和卓分别撤至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔，“共计收获贼众一万二千余人，军器二千余件，驼骡牛羊万余” 。大小和卓又逃往阿富汗巴达赫尚。巴达赫尚国王苏勒坦沙将二人杀死。波罗尼都之子萨木萨克逃居浩罕汗国，后来萨木萨克及其子张格尔又数度策划复国。巴达赫尚国王苏勒坦沙将波罗尼都和霍集占杀死后，其首级被函送到京城，乾隆帝下令喇嘛僧依照藏传佛教仪轨制成法器嘎巴拉碗，收藏于大内之中。
清乾隆二十年（1755）清军平定伊犁，获释，令统领伊犁维吾尔族民众。次年，潜回南疆，与其兄纠合发动叛乱，杀清军副都统等百余人，史称“大小和卓叛乱”。二十三年（1758） ，清军进军南疆平叛。大小和卓失败后逃奔至巴达克山，被当地首领擒杀。
霍集占已休弃之妻，名巴特玛者（即容妃和卓氏），
图尔都之胞姊也。因和卓木与伊等世代仇怨，霍集占遂娶此女为妻，未几弃置。逃走之时，交付与人看管。