迷你金刚,一种神奇的小型机器人。他们具有一种奇妙的能力,当变形金刚与迷你金刚合体后,可以极大地提升战斗力。汽车人和
霸天虎两方为此展开争夺,战争愈演愈烈,而变形金刚最大的威胁——
宇宙大帝,也正向塞伯坦逼近。
作品描述的是
平行宇宙所发生的战争,除了有两派之外,还有一个神秘
迷你金刚派别,对战争起着重要的作用。故事发生在2010年,三个孩子无意中打开变形金刚星球中的能源枢纽,释放出一种名为迷你战士的新式变形金刚,他释放出强大的力量,掌控汽车人与霸天虎之间的力量均衡……
在遥远的
塞伯坦星球,存在一种奇特的迷你金刚,可以和变形金刚合体来大幅度提升他们的战斗力,因此狂博两派和谈后,将迷你金刚用一艘飞船送走远离战争,而这艘飞船最终失事坠毁,而它坠落的地方就是地球。
2010年,三个孩子无意间激活了装有迷你金刚的飞船残骸,此时在塞伯坦再度开战的狂博两派为了寻找迷你金刚而追寻信号来到地球,围绕迷你金刚为中心的战争再度展开,威震天和擎天柱率领麾下战士,在这颗星球上寻找迷你金刚并开始争斗。
得到来历不明的边路(双面人)帮助的冲锋提出了利用迷你金刚组合而成的三神器制造前所未有的新武器的想法,狂博两派为此展开了剧烈的争斗,最终汽车人拯救了地球,但
擎天柱牺牲了。威震天开始返回塞伯坦,汽车人也开始追踪他们。
在回塞伯坦的路上擎天柱得以复活,但此时
威震天和他的新武器已经不再是重点。回塞伯坦的路上,汽车人和
霸天虎被
黑暗擎天柱袭击,而塞伯坦上空出现了吞噬一切的恐怖黑洞,那是来自变形金刚的宿敌
宇宙大帝的力量。变形金刚古老传说中最为强大而邪恶的毁灭之神——宇宙大帝已经开始复苏,迷你金刚和宇宙大帝的渊源即将揭晓,为了自己的家园塞伯坦星球,变形金刚必须联起手来对抗宇宙大帝,他们开始进入了宇宙大帝之战。
早已投靠宇宙大帝的冲锋和双面人联手偷出三神器,唤醒了以月亮形态在塞伯坦附近沉睡的宇宙大帝。在红蜘蛛为了对付宇宙大帝而战死后,狂博两派终于再次联手。迷你金刚也赶来一起对抗宇宙大帝,组成光之宇宙大帝的形态阻挡变形为人形后化身为毁灭之神的宇宙大帝毁灭塞伯坦,联合舰队配合迷你金刚们开始反击。
但面对宇宙大帝的恐怖力量,这场战局压倒性不利,变形金刚们伤不到宇宙大帝分毫,而随着宇宙大帝变形为毁灭之神的形态,在混沌制造者的力量下,变形金刚联合舰队损失惨重,甚至迷你金刚的组合成的光之宇宙大帝形态在宇宙大帝的毁灭性的强大力量下都被最终分解。但威震天、擎天柱以及三个人类孩子进入宇宙大帝体内唤醒了迷你金刚的意识,擎天柱又击毙了宇宙大帝的意识细胞双面人,迷你金刚们则冲向宇宙大帝,最终内外夹攻之下,让宇宙大帝遭到重创,最终陷入沉睡。宇宙大帝最后吸收威震天与擎天柱的憎恨力量,变形企图逃跑,却在最后被牺牲自己的威震天的自我牺牲重创,最终消失在宇宙的尽头。
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