在隋朝（北朝）灭了南朝（陈朝）之后，隋文帝
杨坚开始大肆屠杀陈氏遗族，忠臣陈辅冒死将尚在襁褓中的陈朝少主救出，并以“靖北虏，复国仇”为他命名，将所有的复国重任，全都寄托於他的身上。长大后的陈靖仇为了报答师父的救命和养育大恩，半敷衍地学习著武功和道术。
陈靖仇性格温和，只喜欢诗词与音乐，讨厌残忍的杀戮，一心只想过著与世无争的平静生活。虽天生肩负复国的重任，但梦想当一个游戏人间锄强扶弱的剑侠，对朋友两肋插刀，往往以诚相待，很容易和别人成为交心知己。
陈靖仇在随师傅陈辅至伏魔山寻找昆仑镜时，不慎放出上古魔兽“饕餮”，陈辅将自己与其一同冰封于洞中，命陈靖仇到雷夏泽寻找公山师伯前来搭救。在经过月河村时，遇到了为救弟弟而自愿当作祭品的白发女孩于小雪，陈靖仇出于正义，救下小雪，但月河村民被愤怒的鲛精杀死大半。村中残余的老少一齐赶走二人，靖仇便与小雪一同展开旅程。陈靖仇找到公山师伯，却得知其已被宇文拓打成重伤，于是陈靖仇决定寻找上古神器神农鼎炼药，医治师伯。
两人行经黑山镇，救下了被妖魔官兵击倒的拓拔玉儿，得知神农鼎原来是鲜卑族圣物，现却已被宇文拓抢走。后来三人在河边的小船上遇见独孤宁珂，并拿回了神农鼎。但炼好了药之后，公山师伯却已病故，于是三人听从师伯的建议前往海上求仙。海上航行时，被受惊的鲸鱼神兽“巨海”吞入，误闯了“氐人族”领地。在氐人族女王的求助下，三人帮忙除去了不断吞食氐人族的黑龙王，但拓跋玉儿却中了黑龙王的计谋，取下崆峒印，破坏了氐人族青春不老的结界。玉儿在极度愧疚下挥刀毁容，以致生命垂危，于是氐人女王带三人前往仙山岛。在仙山岛山路中，拓跋玉儿突然发高烧，即使服用了神农鼎炼化的药也未见起色，小雪为救伙伴毅然割臂献肉终于令玉儿退烧。好不容易在对弈亭找到仙人，仙人却不予理会。陈靖仇和小雪苦苦恳求，仙人终被三人的友谊所感动。隔日仙人命陈靖仇与小雪去取血露蟠桃，不料在取得血露蟠桃时，刑天突然出现，两人不敌，刑天说必斩下一人手臂。两人争着砍自己手臂，此时御剑老仙人出现，原来这只是一个给摘桃者设下的考验。终于，由古月仙人医好了玉儿。
后一行人来到伏魔山，救出了师傅陈辅。在结局时宁珂临终前，说出了自己附身宁珂郡主的真相，最后在古月仙人帮助下，将灵魂封入伏羲琴中净化。此时，误以为陈靖仇背叛，并在独孤宁珂唆使之下魔化的陈辅企图破坏赤贯星，陈靖仇不得不与师傅陈辅展开最后的决战。
魔界降临历史中的陈靖仇一行来到本历史魔界尚未降临之前的时间，玉儿没有被复活。最终九天结界的封印完成，众人成功的阻止了魔界入侵，然后陈靖仇不得已诛杀魔化
陈辅，小雪保持人类的形态。回到人间，靖仇与小雪一同来到师傅陈辅墓前扫墓，陈靖仇与于小雪合奏《如忆玉儿曲》并遇见了七世只有二十年阳寿的玉儿转世。
不同在于玉儿借由
天女白玉轮阵法复活，小雪则变回女娲石。陈靖仇在与
拓跋玉儿的历险中，患难见真情，与她渐生情愫，结为连理，两人终生守在供奉女娲石与师父之衣冠冢的
终南山下，耕读仗义，以神仙侠侣而闻名。
在JAVA平台上的《天之痕移动版》中，玩家只需完成三个条件即可达成游戏的第三结局：取得所有“天之痕”碎片、拓跋玉儿好感度大于小雪、取得“地之心”。在第三结局中，六十年过去后，于小雪重新从“女娲石”变回人形，看见了已经是暮年的陈靖仇拓跋玉儿夫妻，三个人再度重逢。