原籍广东省电白县，1933年出生于广州巿。1956年毕业于台湾省立师范大学后赴香港新亚研究所师从钱穆先生深造。1960年由哈佛燕京奖学金支助至哈佛大学攻读。1967年获哈佛大学哲学博士后，在加州大学（圣塔巴巴拉校区）历史系任教廿七年。其间先后赴哈佛大学（客座副教授, 1973-75），香港中文大学（莫庆锵讲座， 1980-81），及新加坡国立大学（客座教授, 1991-93）访问；并受邀担任香港大学中文系、新加坡国立大学中文系、及澳洲国立大学中国研究中心博士学位校外考试委员。1994年转为加州大学终身荣誉教授并返台湾任清华大学历史研究所教授 （1996年荣获「杰出人才发展基金会」之「杰出人才讲座」；2002 年转为台湾清华大学终身荣誉教授、讲座教授、新竹商银(endowed)荣誉讲座）；2005年受聘为天津南开大学陈省身讲席教授；2006年受聘为吉林大学名誉教授。

《荀悦与中世儒学》，英国剑桥大学1975年出版；高专诚译，辽宁大学出版社，2000年6月。

《荀悦与汉末思想》，美国普林斯顿大学1980年出版。

《剑桥中国秦汉史》第十五章（剑桥大学1986；1992年北京中译）。

《汉晋六朝文化·社会·制度——中华中古前期史研究》，新文丰出版公司，1997年3月。

《中国古代思想文化的历史论析》（艺术与思想史丛书），北京大学出版社，2001年2月第1版，2003年7月二印。

陈先生并为「联合国教育科学文化组织」新编《人类科学文化发展史》(1996)〈秦汉帝国〉章撰作者。

2007年10月，陈启云教授个人文集《陈启云文集》由广西师范大学出版社出版，分别为：《治史体悟——陈启云文集一》 ，《儒学与汉代历史文化——陈启云文集二》。陈启云先生的文集，是南开大学国际多元文化综合研究丛书之一种，分为上下两册，上册《治史体悟》，由学术传承、中西视野和文化哲思三部分组成，主要从宏观视野阐发对于史学理论、文化史、思想史和中西史学的认识，展现出陈启云教授数十年治史心得，并指出了国内当前史学的部分缺失；下册《儒学与汉代历史文化》，分为汉代思想文化、汉代儒学和历史考证三部分，从文化大传统的视角抉发对汉代思想和汉代儒学的独特见解，以及如何从汉儒精神角度重新审视汉代历史。

1. 皇权与中华文化传统 陈启云 西江月 2010/12

2. 可以把国学列为一级学科吗 陈启云 历史教学(下半月刊) 2010/05

3. 皇权与中华文化传统 陈启云 史学集刊 2010/03

4. 中国人文学术的近代转型——胡适、傅斯年和钱穆个案 陈启云 河北学刊 2010/01

5. 社会名望与权力平衡:解读王敦之乱 陈启云 史学月刊 2010/01

6. 10 中国传统社会领导层的建构和演变 陈启云 历史教学(高校版) 2010/01

7. 中西文化传统与“超越”哲思 陈启云 学术月刊 2009/02

8. 从多元历史视野宏观中国现代化问题:蒙古西征与人类文明 陈启云 史学集刊 2009/04

9. 历史“知识论”与西方史学理论 陈启云 天津师范大学学报(社会科学版) 2009/02

10. 中西文化传统和信仰 陈启云 社会科学战线 2009/03

11. 跨越文明 寻道求真——访陈启云教授 陈启云 历史教学问题 2009/03

12. 钱穆的儒学观念与中国文化 陈启云 中国文化研究 2007/03

13. 封建与大一统之间:关于中国传统政体的理论和史实 陈启云 学术月刊 2007/02

14. 封建与大一统之间:关于中国传统政体的理论和史实 陈启云 社会科学战线 2007/03

15. 地理与人文动态互应考析之一:中西地理环境的比较 陈启云 兰州大学学报(社会科学版) 2007/02

16. 汉儒与王莽:评述西方汉学界的几项研究 陈启云 史学集刊 2007/01

17. 秦至清社会形态再认识笔谈 冯天瑜 湖北社会科学 2007/01

18. 跨学科与超领域的研究 陈启云 南开学报(哲学社会科学版) 2006/05

19. 梁启超与清末西方传教士之互动研究——传教士对于维新派影响的个案分析 陈启云 史学集刊 2006/04

20. 汉儒理念与价值观研究的方法论问题之考论篇 陈启云 史学集刊 2006/01

21. 汉儒理念与价值观研究的方法论问题之理论篇 陈启云 史学集刊 2005/04

22. 汉代中国经济、社会和国家权力——评许倬云的《汉代农业:早期中国农业经济的形成》 陈启云 史学集刊 2005/01

23. 钱穆与中西思想文化比较——“历史主义”论释 陈启云 中国文化 2004/01

24. 关于思想文化史研究 陈启云 开放时代 2003/06

25. 汉儒思想的现代诠释 陈启云 南都学坛 2003/05

26. 论西汉时的“子学没落,儒学独尊”问题 陈启云 史学月刊 2003/01

27. 中国古代历史意识中的人与时 陈启云 开放时代 2002/03

28. 从亨廷顿“文明意识”论孔学前景 陈启云 船山学刊 2000/01

29. 从东西文化、学术、思想看“易学”的意义和特色 陈启云 中国哲学史 1994/04

30. 从东西文化、学术、思想看“易学”的意义和特色 陈启云 周易研究 1994/01