阿苏神社号称拥有2500余年历史，供奉以阿苏开拓史祖健磐龙命为首的12尊主神，其楼门与茨城鹿岛神宫、
福冈筥崎宫的楼门并称“日本三大楼门”。
健磐龙命是航海安全之神。值得一提的是，从
阿苏火山口为起点，经过阿苏神社大鸟居，到终点的国造神社，这三点从地图上看是成一直线的。阿苏氏第十代家主拥有的大太刀「萤丸」曾供奉在此。
神武天皇之孙健磐龙命（一宫）、其妃神之阿苏都比咩命（二宫）等以下12柱神，总称“阿苏十二神”。
2016年4月16日，日本熊本县发生里氏7.3级强震，震源深度约为10公里。受此次强震影响，被誉为日本三大“楼门”之一重要文化遗产的阿苏神社“楼门”以及参拜殿已经全部倒塌。
此次地震当中，不但被指定为国家级重要文物的“楼门”崩塌。神社内另一国家级重要文物“一之神殿”也有部分受损。神社的参拜主殿全毁，三处神殿有毁损迹象，有当地民众赶至神社看到眼前灾情，不禁哽咽说：“怎么办？”