阿纽伊河位于马加丹州楚科奇自治区，由发源于阿纳德尔台地的大阿纽伊河和小阿纽伊河汇流而成。干流全长仅8公里，大阿纽伊河长为693公里，小阿纽伊河长为738公里。整个流域面积为10.7万平方公里，其中大阿纽伊河为5.72万平方公里，小阿纽伊为4.98万平方公里。河水的主要补给为融雪和雨水。

流域大致位于东经149°05′～171°、北纬61°～70°之间。流域内多是海拔500～2000米以上的山区。

流域位于东北西伯利亚北部，该地区的气候的大陆性特别显著。夏季温暖，冬季漫长而寒冷，盛行反气旋天气：低温、少云、降水量少、积雪厚度很小。最冷的月份是1月，年平均气温大约在-15℃左右。夏季虽短，7月的平均温度达18～20℃。

河水的主要补给为融雪和雨水。流域的年均降水量为200～250毫米。年平均含沙量为0.04～0.05千克/立方米.夏季为汛期季节，冬季河流较缓慢。夏季则急促，河道也随之变宽。河道附近多沼泽及大小不等的湖泊。