在
澳大利亚沦陷之后，PPDC环太平洋防卫军执行了黑幕计划。让所有人员撤离，并采取措施“掩埋”基地的作战计划，以保护为PPDC所制造的重要数据和武器。而阿特拉斯被认为是消耗品之一，因无法转移被PPDC遗弃在被掩埋的暗影盆地内，会在地区完全沦陷后被引爆。然而，基地和阿特拉斯的机库基本完好无损。
在黑幕计划五年后，海莉发现了埋藏的基地。激活了机甲人工智能洛亚。在她的哥哥进入基地后，而洛亚试图打开基地的舱门，警报引起了附近游荡的四级怪兽
铜头蛇的注意。在被铜头蛇的攻击逼到悬崖之际。洛亚指示驾驶员趴在地上，以避开冲刺。成功躲避了怪兽的扑击，而铜头蛇也坠入悬崖之中。在第二次和铜头蛇的交手中，阿特拉斯不幸被铜头蛇咬下右臂，靠引爆
核地雷阵才侥幸逃离铜头蛇的追杀。
在单臂的阿特拉斯摧毁谢恩基地之后，跟随怪兽男孩来到了被打开的虫洞旁，和三级怪兽
酸鬣进行了一场战斗，但因机甲缺失手臂和驾驶员状态不佳，阿特拉斯被击倒了，在命悬一线之时被怪兽机甲
顶级杀戮者顺手救下，杀戮者以碾压的姿态秒杀了酸鬣，当杀戮者接近怪兽男孩时，泰勒和海莉做了最坏的打算，试图拯救男孩。但顶级杀戮者轻而易举战胜了阿特拉斯毁灭者，正准备一拳摧毁机甲时。它的进攻被怪兽男孩阻止，怪兽男孩挡住了它的拳头，展示了令人出乎意料的力量。杀戮者通过通感和男孩建立了联系，并认可阿特拉斯毁灭者作为盟友。在临别之时，杀戮者送给了兄妹俩四代机甲
混沌涅墨西斯的手臂。
在与铜头蛇的第三次战斗中，阿特拉斯毁灭者用新武器军刀链刺穿了怪兽的胸部，并从它的手臂上切下了怪兽手掌，在和海莉控制的废弃机甲
眩晕猎者的配合下，用核弹内爆终结了铜头蛇。
在前往悉尼基地的过程中，阿特拉斯毁灭者被一群
开膛兽、六级怪兽
破坏者、和怪兽姐妹会追杀，在即将到达悉尼基地之时，但PPDC指挥部认为机甲猎人的返回可能是一个诡计，因为阿特拉斯毁灭者被记录为引爆状态。于是，基地的哨兵机甲轰炸了阿特拉斯毁灭者和姐妹会的部队，摧毁了后者的大部分，而
怪兽男孩挡住了射向阿特拉斯的导弹。在泰勒将自己和海莉确定为福特和布丽娜的孩子后，悉尼基地停火。
阿特拉斯毁灭者与六级怪兽破坏者交战，但完全无法对破坏者造成伤害，机体造成严重损坏。洛亚意识到她的驾驶员将无法生存，于是洛亚强制使用逃生舱送走了泰勒和海莉，并激活了阿特拉斯毁灭者的自毁程序。爆炸摧毁了阿特拉斯毁灭者和六级怪兽
破坏者，而泰勒和海莉则安全逃出，被PPDC接走。