中华人民共和国阿拉山口海关承担阿拉山口铁路口岸、公路口岸、博尔塔拉蒙古自治州区域内进出境运输工具、货物、物品及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作;承担阿拉山口海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化、财务管理、综合保障等工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。
办公室(党委办公室)、人事政工科(党委组织宣传部)、综合业务一科、综合业务二科、监管一科、监管二科、监管三科、监管四科、监管五科、查检一科、查检二科、查检三科、财务科、资产管理科、技术科;
阿拉山口海关被评为全国海关先进集体,3个科室分别被评为全国海关系统人事政工、监管工作、科技工作先进集体,2个业务现场分别被评为全国和自治区级“青年文明号”,有80余人次获全国海关系统、自治区、
乌鲁木齐海关和自治州表彰。