土地革命战争时期，中国共产党统一领导闽赣地区武装斗争的军事机构。1933年6月，建（宁）黎（川）泰（宁）警备司令部改组为闽赣军区。萧劲光任司令员兼政治委员，刘畴西任总指挥，李德胜任参谋长，余泽鸿任政治部主任。下辖：第一军分区，方志纯任司令员兼政治委员；第二军分区，李德胜任司令员兼政治委员；第三军分区，余泽鸿兼任司令员，温含珍任政治委员；闽北军分区，薛子正任司令员，黄道任政治委员。另外还辖有闽赣红军独立第一、第二师，闽北红军独立师和黎川、邵光、金资独立团。7月，闽赣红军独立第一、第二师和闽北红军独立师等地方武装整编为闽赣红军第二十、第二十一师。8月，闽赣军区组建闽中军分区。10月，红军第七军团成立，机关由闽赣军区兼。叶剑英任司令员。11月，曾洪易任政治委员。12月，闽赣军区撤销，恢复建黎泰警备司令部，保留闽赣边区指挥部，归江西军区领导。1934年10月，中央红军主力长征后，闽赣边区指挥部改称闽赣军区，属中央军区建制。宋清泉任司令员，钟循仁任政治委员，徐江汉任参谋长，彭祜任政治部主任。下辖红军第十四、第十六、第十八团，红军独立第十二、第十七团和国家政治保卫局警备营及属地各县武装。1935年2月，第十七、第十八团编入红军第九军团。5月，闽赣省党、政、军机关和所属武装兵败解散，闽赣军区番号撤销。1936年6月，闽赣军区（又称闽赣省军区）重建，叶飞任司令员，黄道任政治委员。下辖：闽北军分区，熊家财任司令员，汪林兴任政治委员；闽中军分区，黄立贵任司令员兼政治委员；抚东军分区，吴先喜任司令员兼政治委员；闽东军分区，饶守坤任司令员，王助任政治委员；以及闽北、闽东红军独立师。1938年1月，根据中央东南分局决定，闽赣军区撤销，所辖部队编入新四军第三支队。