闽江口内港区是福州港的主体。现有港口设施主要分布于台江、马尾、青洲、筹东、松门、长安等作业区。开辟的主要航线有至香港、日本、韩国、高雄、新加坡等近洋航线。港区承担福州港能源物资、矿建材料、件杂货、沿海及近洋集装箱运输。

港区自然条件优越，风浪较小。口外与白犬、马祖列岛相对，口内有川石、粗芦、琅岐三岛为天然屏障，具有良好的掩护条件，风浪较小。长门口以内基本不受海浪的影响。据推算琯头河段五十年一遇最大波高为H1%=1.82 米，波向SW。

闽江是本省径流量最大的河流，年平均流量1690 立方米。闽江口内港区受闽江径流和潮汐双重影响，是强潮型河口，潮波近似驻波。最高潮位6.96 米，最低潮位-0.48 米（罗零），平均潮差4.10 米。闽江口内潮流基本上是与河道走向一致的往复流，流速1.0~1.5 米/s。

港区基础设施完善。外协条件满足港区开发要求。长安作业区后方与104国道相接，经福马路到福州为34km，可与国道324线、316线相接。在建的同三线罗长高速公路和拟于2002年开工建设的福温铁路从长安作业区陆域后方通过，交通运输便利。

根据1996年部、省联合审查的《福州港总体布局规划》，规划作业区尚有长安作业区、洋屿作业区未开发。长安作业区是闽江口内尚未开发的黄金岸线。规划岸线长约3200米，可建停靠第二代集装箱船泊位7个，万吨级通用泊位6个，预计可形成杂货通过能力450万吨，集装箱吞吐能力90万TEU。