作为台湾资深的打击乐演奏家、指挥家、音乐教育家、音乐制作人林水永博士，在祖国大陆从事音乐教育工作已十余年，曾受聘大陆多所艺术类高校，其间在肯定传统音乐教育的同时深感中国现代流行音乐教育的发展进程缓慢，与西方学术性专业化的现代流行音乐教育相比相形见绌。因此，在经过长期的考察调研后林博士倾资在
厦门兴才学院创办了闽台现代音乐系。
基于相同的理念，台湾十项全能音乐大师、邓丽君启蒙恩师李鹏远教授；台湾师范大学艺术学院前院长张清郎教授；台湾音乐教育家王自强教授；厦门大学硕士生导师卢广瑞教授；原厦门大学嘉庚学院音乐系主任孙连君教授等均加入了创建团队，为音乐系的稳固发展奠定了基础。
闽台现代音乐系现有流行音乐艺术教育、邓丽君声乐艺术、音乐教育、闽南传统文化戏曲研究四个专业，涵盖器乐、声乐、舞蹈、作曲、编曲、指挥、艺术管理、幼儿教育等多个专业方向。
闽台现代音乐系以两岸的良好互动为契机，旨在加强两岸相关有利资源的整合，采用台湾职业教育的先进理念和办学模式，以市场为依据因材施教，紧跟时代步伐，突出办学特色，为两岸培养德艺兼备的高素质音乐专业人才，同时为现代职业教育树立新的行业风范。