乾隆九年(1745)举人、十年乙丑科进士连捷，授刑部奉天司主事。曾任山东司员外、山西乡试副考官、湖广司郎中、四川乡试正考官、提督山东学政兼翰林院检讨。乾隆十七年(1752)，升任山东按察使。
乾隆三十四年（1769），经黄冈知县温鹤立、黄州知府潘振莹报问津书院原由绅士义捐，绅士经理，从未归公办。但县吏因官办河东书院经费不足，而干预问津书院。鹗元即批问津仍归绅士管理，其他人等不得干预。使问津书院办学经费得以保障，士子拍手称颂。
乾隆四十一年(1776)，以都察院右副都御史兼兵部侍郎，巡抚安徽4年。期间上疏称风、颍、寿三郡历年灾荒，赈贷皆由安庆、池州远途拨运，不如就近建仓贮粮，以备急需。在凤阳府、寿州凤台县及正阳关、颍州府届
亳州、阜阳、霍邱、蒙城、太和、颍上等县共建粮仓400间，贮粮20万石，以备赈恤。乾隆四十五年(1780)调任江苏巡抚。
闵鹗元以文学起家，名扬中外。精于治狱，由郎中起擢臬司。所到之处，以清理积案见称。他在京城倡建吴兴会馆，同乡进京如回家一般。巡抚江苏10年，一时号为贤能。期间，在苏州经营湖州绸缎的同乡苦于没有公所，出面聚资在苏州曹家巷建立会馆。
在乾隆朝，闵鹗元两次考绩都位居巡抚之最，但因不依附权相
和珅终被忌。乾隆五十五年（1790）以失察罪被革职，请求告老，次年致仕奉旨回原籍。嘉庆二年（1797）逝世。