间接污染是指污染物通过其他中间介质间接造成的污染环境。排入环境中的一次污染物在物理、化学或生物条件的作用下发生变化，或与环境中的其他物质发生反应所形成的新污染物，称为二次污染物（secondary pollutant）。
间接污染是指污染物先污染了地表水或其它含水层，然后再进入所利用的含水层中。这种情况下，有时地下水中的污染物质可能与污染源中的污染物不同，因此，确定污染源就更复杂些了。
可能发生越流补给，使污染的潜水进入所使用的承压含水层而污染后者。即使天然条件下承压水的测压水位比潜水位高，在开采条件下也可能使其水位降到潜水位以下，从而发生污染。此外，当抽水井止水不良时，被污染的潜水可直接通过井壁迅速污染采水含水层。
在实验室中进行的研究得出结沦：当水的氧化能力降低时，常溶滤岩石中所含的铁进入水中。
碳水化合物被带入含水层，会与地下水中的溶解氧结合形成CO2，降低水的
氧化能力，并使pH值降低，同时将使地下水的暂时硬度及铁、锰的含量逐渐增加。在含水层的补给区排放有机物，就会产生类似的结果。顺便在此提及，在天然条件下，针叶林下的土壤常呈酸性(pH值为3~4)，雨水通过土壤完全缺氧，并富含有机质，当与含氧较多的地下水相遇时，使水中CO2增加，从而溶解砂岩胶结物中的CaCO3，并使包裹于砂粒表面的氧化物及硫酸盐溶解，水中便增加这些物质的含量。这一过程可能需要2~5年方能看出其影响的结果。
例如，因降雨使大气中的污染物质随雨水流入江河水体之中，或者发酵性的有机物被微生物所分解，生成硫化氢和醛等；由一次污染物污染环境后，使自然界中某些化学组分由稳定、无害状态变为某种有害状态，进入环境造成新的污染；
工业废水与生活污染水中的酸与盐类进入地下后，可使土中的钙、镁从难溶状态的碳酸钙、碳酸镁，变为易溶态的钙、镁离子，这些钙、镁离子进入地下水，就使地下水硬度升高等，均属间接污染。水俣病（甲基汞中毒）也是间接污染的实例。水俣病是由污染源排放的含汞废水与甲醛或乙醛污水反应，或海水中的汞被颗粒物吸着沉降在海底，经由甲烷菌产生的甲烷作用，生成可溶性的
氯化甲基汞，被生物积累，经食物链转移到人体所引起的。氯化甲基汞比无机汞的毒性强，侵入到人的脑组织，会造成不可恢复的损害。间接污染对环境的和人体的危害往往比直接污染更为严重。