长江地区的可持续发展，首要的是加强环境保护，特别是水资源的保护，并努力改善水资源的不合理利用状况；要加快长江中上游地区的生态环境建设，做到开发与保护相结合，力争近年内在治山治水方面取得重大突破，收到明显效果，这是长江地区在新世纪的重要任务。

长江水生生态系统面临的主要问题 针对上述问题与任务，为了促进长江地区的经济、社会、生态可持续发展，为了保护长江、利用长江、开发长江，由武汉出版社策划组织、长江技术经济学会协编，并被国家新闻出版署列入国家“九五”重点图书出版规划的大型丛书《长江地区可持续发展研究》，以人地系统为核心，以自然和社会的协调为目标，以人口调控为条件，以经济社会发展为基础，结合实际进行了充分的理论分和科学论证，并在此基础上提出了长江地区经济社会协调发展，生态环境保护治理，自然资源合理开发利用，沿江和流域城乡协调发展，流域上中下游地区协调发展，三次产业协调发展，人口数量和素质协调发展等战略和对策。以一个大江大河流域为对象，系统、全面而又充分地论述该流域地区实施经济、社会、生态可持续发展战略的著述，在我国出版史上还是第一次，丛书的作者和出版者们无疑做了一件具有开创性和导向性的工作。

长江生态系统面临的主要问题是水污染、生境损失或片断、过度开发和外来物种入侵等。到长江水生生态系统面临的主要问题 2005年，长江流域大中城市废污水处理率平均不到30%，小城市和城镇基本没有污水处理厂，大量废污水没有经过任何处理直接排到附近江河、湖泊等水体中，虽然长江水资源总量占全国1/3，但接受的废污水总量接近全国的50%，每年点源废污水达到近300 亿m3。由于农业大量使用化肥和杀虫剂，长江农业用水耗水率在70%左右，这样每年有近300亿m3农业退水回到长江水系，农业面源污染实际上也相当严重。由于大气污染、采矿、城市地面硬化、固体废弃物堆放，每场大雨都将产生大量受污染的雨水进入水域，这些面源污染不压于工业和生活废污水。另一方面，大量石油化工企业位于长江沿岸，大量货运船只行使在河道内，经常出现突发性水污染事件，所以，长江流域大多数湖泊、城市附近河流和河岸水污染情况日益严重，不仅严重影响了河流生态系统，也影响了人类健康和生活质量。

生境片断化和退化主要是由于农业生产、水利工程、桥梁、道路等基本建设引起。洪泛区进行工业和农业开发，沿江河修堤建闸，河道上进行梯级水库开发等，严重影响了河流连续性、河流洪枯变化过程和栖长江水生生态系统面临的主要问题 息地等。大规模的梯级水库的建设和运行将显著改变长江天然的水文过程、水沙分配比例，影响到河流的连续性。生境的改变将对流域生态系统与环境产生重大影响，如果规划的水电工程全部实施，长江上中游干流和相当多的支流将被部分渠化或完全渠化，自然河流将转变为半天然河流或人工控制的河流，这种变化将给长江的生态系统和环境带来长期的影响。

过度开发是指对流域土地、森林、矿山、水和渔业等自然资源的过度开发。由于自然资源是有限的，其生成和更新往往相当慢长，如果开发和利用的速度远大于其更新的速度，将超过其承载力，自然资源的枯竭将使人类经济社会发展不可持续。例如渔业生产，不考虑鱼类生产周期，大量采用密网和拖网，使大小鱼类一网打尽，野生鱼类资源已经严重衰退。

一般人可能注意不到外来物种的入侵，但生物学家却十分担心。由于全球化，物流、人流的快速流动，生物入侵已经十分严重。外来物种一旦适应环境，由于缺乏天敌，会迅速发展，使当地物种无法与其竞争而退化或消亡，水葫芦就是一个例子。

由于长江的水多，给人的印象仍然是一条充满活力的大河，但当你仔细监测水质、观察水长江水生生态系统面临的主要问题 生生物和岸边植被时，就会发现问题日益严峻：长江上游干支正在进行大规模的梯级水电站的建设，河流连续性受到显著影响；中下游两岸码头、桥梁密布，岸线被大量利用，岸坡植被用硬质护坡代替；长江Ⅱ类水主要在主弘，岸边大多数是Ⅲ类，甚至是Ⅳ类，长江水体氮和磷的本底含量已经达到Ⅲ类，当江水进入水库、湖泊或海洋，按湖泊、海洋水质评价标准仅有Ⅳ类，甚至Ⅴ类，如果湖泊水已经污染，就很容易产生水华，进入海洋就会引起赤潮；长江中的白鱀豚、中华鲟、长江鲟、白鲟、鲥鱼等珍稀野生鱼类已经濒临灭绝。