长江口深水航道治理工程位于长江口南港和北槽河段，全长92.2公里 、底宽350-400米、深12.5米。该项工程于1998年开始建设，是20世纪90年代中国最大的一项水运工程，于2011年5月通过国家竣工验收，并进入常态化维护管理。
施工情况
第四、第五代的集装箱船可以通过长江口10米深水航道乘潮安全地通过长江口，这为提高进出上海港的集装箱船舶地装载量、加快上海国际航运中心的建设、推进上海及长江下游地区的经济建设和社会发展产生巨大作用。长江口10米深水航道2005年6月16日起试通航。
长江口深水航道治理工程是一项跨世纪宏伟工程，是实施党中央“以上海浦东开发开放为龙头，进一步开放长江沿岸城市，尽快把上海建成国际经济、金融、贸易中心，带动长江三角洲和整个长江流域地区经济新飞跃”的重大战略决策，把上海建成国际航运中心的前提和基础。
工程包括在长江口南港北槽内建筑南、北导堤和丁坝等整治建筑物，其中北导堤49公里、南导堤48公里、分流口南线堤1．6公里和潜堤3．2公里；南北导堤间丁坝19座，以上述整治建筑物为依托，疏浚航道近80公里。
工程于1997年底经国务院批准实施。本着“一次规划、分期建设、分期见效”的原则，工程分三期建设，使航道水深分阶段增深到8．5米、10米及12．5米，航道底宽350－400米，可满足第三、第四代集装箱全天候通航和第五代集装箱及10万吨级散货船乘潮进港的要求。
长期以来，长江口由于受到巨大的潮量、迳流量和流域来沙量的影响，河口河槽演变复杂，长江口通航航道所处的拦门沙河段，自然水深仅6米，成为通航的瓶颈，制约了上海、长江三角洲及长江流域经济的发展。从1974年起，长江口依靠疏浚维持7米水深。
长江口航道因水、沙运动规模巨大，河床变化频繁，治理工作的难度很大。全面治理方案经过多年的论证，在1997年获得国家批准。全部工程分三期进行，将航道水深先后增深到8.5米、10米和12.5米。一期工程于1998年1月27日正式开工，到2000年3月完成，航道水深从7米增深到8.5米，实现历史性跨越。因
集装箱运输迅猛发展的迫切需求，2004年起，长江口航道疏浚到9米水深，并持续保持了13个月。
2002年9月22日，建国以来规模最大的水运建设工程，即长江口深水航道治理工程
验收情况
如表：
一期工程开工建设时间
1998/1/27
经2年多建设已建成北导堤
27.89公里
建成南导堤
30公里
10座丁坝总长
11.19公里
疏浚航道
51.77公里
完成工程总投资
约31亿元
长江口航道水深
8.5米
单向航道完成了双向航道 船舶航速由原8节提速至
10至12节
航道理论计算通过能力可提高
4倍
超大型船舶装载率平均提高
约20%
第三、第四代集装箱船舶每航次可多装载
约1000TEU
至验收之日已连续17个月保持水深
8.5米
长江口8.5米水深保证率
100%
二期工程（已正式启动）计划用时间
3年
完成后将水深由8.5米增加到
10米
将底宽由300米增加到
350～400米
整治建筑物工程SIIA标段工程开工日期
2002/4/28
工程工期
966天
长江口航道治理二期工程在2004年正式开工。到2005年3月建成了10米水深、底宽350米至400米的深水航道。工程在不封航、不断航的情况下进行，航道建设公司派出的大型挖泥船作业达18000艘次，被称为世界港口史上绝无仅有的作业量。上海海事局派出了巡航船每日24小时不间断现场守护。
长江口深水航道10米水深的航道通航，对于上海港及长江下游港口的生产发展有重要意义。据上海海事局统计，与2000年7月相比，到2005年4月吃水9米以上船舶的日通过量从12.4艘增加到35艘，吃水10米以上的船舶日通过量从0.4艘增加到11.4艘，5万吨级以上船舶日通过量从零艘增加到7.7 艘。
长江口治理三期工程设计通航水深将达12.5米，底宽350米至400米。在三期工程完成后，第三、第四代集装箱船可以全天候进出长江口，第五、六代集装箱船和10万吨级散货船及油轮可以乘潮进出长江口。长江口深水航道治理的三期工程和深水航道向上延伸工程前期工作正在积极进行。
项目特点
长江口深水航道整治工程是建国以来最大的水上基础设施建设项目，也是世界上罕见的浩大工程。工程建设目标：航道水深12.5m，分三期实施。一期工程的目标水深为8.5m。
Se标段包括：S9+000-S20+000长11Km的导堤、S20+000-S22+000 长2Km超前护底、S1、S2、S3三座丁坝长3.75Km和7个灯桩基础。
经济效益
新工艺新技术
采用国内首创坐底式基床抛石、整平机械施工新工艺；GPS测量定位技术；应用钢筋砼半圆体新结构；40M铺排船研制建造和使用。
增殖放流
截至2019年12月，长江口深水航道治理工程项目共增殖放流了149.6万尾鱼类、2.15吨虾类、11万只中华绒螯蟹、171吨贝类 。