锥囊藻属植物体多数为树状群体，少数为不分枝群体或单细胞。在表质上具有囊壳。光合色素有叶绿素a,叶绿素b,β-胡萝卜素。此外还有副色素。藻体呈金黄色或棕色。储存物质为白糖素和油滴。

细胞具圆锥形、钟形或圆柱形，含硅质的纤维素果胶的囊壳；囊壳前端为圆形或喇叭状开口，后端锥形，透明或黄褐色，表面平滑或具花纹。原生质体为纺锤形，圆锥形或卵形，前端具两条不等长鞭毛，长的一条伸出在囊壳开口处，基部以细胞质短柄附着于囊壳的底部。细胞内有一眼点。一至多个收缩胞。色素体1～2个，片状，周生。同化产物为白糖素，常为一个大的球状体，位于细胞后端。繁殖为原生质体纵分裂，子细胞游出，固着在母体囊壳的内缘。以后由分泌的纤维素-果胶形成新的囊壳，于是原生质体进行环形的运动。如此再三的纵分裂，原生质体停在母囊处而形成树丛状的群体。静孢子常形成硅质的圆胞囊壳。

该属约有17种，中国淡水常见的有4种。锥囊藻是湖泊及池塘中常见的浮游生物，有的种类如分歧锥囊藻，密集锥囊藻等仅生长于贫营养水体中，当水中有机质多时，它们便消失。