锚定PCR（Anchored PCR）常用于扩增已知一端序列的目的DNA。在未知序列一端加上一段多聚dG的尾巴，然后分别用多聚dC和已知的序列作为引物进行PCR扩增。

以基因组DNA为模板，用一条基因特异性引物GSP1进行线性PCR扩增，产生单链扩增产物。

在末端转移酶TdT的作用下，在单链DNA分子的3'-末端加上多聚胞嘧啶（PolyC）。

用巢式基因特异性引物GPS2和能够与多聚胞嘧啶配对的锚定引物AAP对加尾的产物进行PCR扩增，将PCR产物连接到载体后进行序列测定，可以得到基因序列上游的未知序列。

AAP：GGCCACGCGTCGACTAGTACGGGIIGGGIIGGGIIG,I为次黄嘌呤核苷，多聚G上游包含Mlu I, Sal I 和 Spe I三个酶切位点。

锚定PCR主要用于分析具有可变末端的DNA序列，Loh等用A-PCR对人外周血淋巴细胞T细胞受体α-链的mRNA的多变性进行了分析。先合成cDNA，并用末端脱氧核苷酸转移酶在其3’-可变区末端加上一个PolyG尾巴。Loh等恒定区与可变区连接部位设一个引物，另一个引物是一个具5’-polyG尾巴的引物。带有PolyG尾巴的引物是一个固定点，它可以并与PolyG尾巴结合，无论其余部分序列如何，只识别片段末端，利用此法可从前述mRNA中检出至少20种不同序列，每一种都是独特的，表明A-PCR不对任何特殊序列有倾向性结果，可用于T细胞、肿瘤及其它部位抗体基因的研究。