铁路运输法院创始于1953年10月，到1956年初，铁路运输检察院的各级机构普遍建立。主要受理涉及
铁路运输、铁路安全、铁路财产的
民事诉讼和
刑事诉讼。2012年6月底全部移交地方管理。2015年以来按照“行政案件集中管辖改革”部署，逐步开始受理行政诉讼。
历史沿革
1953年10月16日，根据第二届全国司法会议精神，经天津市人民政府批准，天津铁路沿线专门法院正式宣告成立。这是我国最早在铁路系统设立的审判机关。随后，铁路沿线专门法院在全国各地相继组建。
1955年，根据中华人民共和国司法部规定，铁路沿线专门法院更名为铁路运输法院。
1957年8月9日，国务院第56次全体会议通过了《关于撤销铁路、水上运输法院的决定》。铁路、水上运输法院被撤销，案件交由地方法院处理，档案分别交地方中级法院和省（市）司法厅（局）接管。
党的十一届三中全会后，我国进入全面改革开放的崭新历史时期，基于铁路运输在国民经济中的特殊重要位置，为维护“大动脉”的安全和管理秩序，保障铁路系统国有资产不受非法侵害，铁路运输法院开始恢复重建。
1979年7月，第五届全国人民代表大会第二次会议通过《中华人民共和国人民法院组织法》，规定了建立包括铁路运输法院在内的专门法院。
根据《人民法院组织法》规定及中共中央（79）64号和中央组织部（79）组通字44号文件要求，1980年7月25日，原铁道部、司法部联合发布了《关于筹建各级铁路运输法院有关编制问题的通知》，各级铁路运输法院由上而下陆续筹备重建。
重建后的铁路运输法院分为三级，在北京设铁路运输高级法院，在每个铁路局所在地设铁路运输中级法院，在每个铁路分局所在地设铁路运输基层法院。并于1982年5月挂牌正式对外办案。其主要任务是审理危害铁路运输的刑事案件和铁路为一方当事人的经济纠纷案件。
铁路运输高级法院的业务工作受最高人民法院的监督和指导。1987年4月，根据当时形势，经中央批准，最高人民法院作出了撤销铁路运输高级法院的决定。铁路运输中级法院和基层法院的业务工作改由铁路局所在地的地方高级人民法院监督和指导。
2004年，中央司法体制改革领导小组提出，改革铁路、交通、民航等部门和企业管理公检法的体制，将其纳入国家司法管理体系。
2008年新一轮司法改革时，中央政法委发布《关于深化司法体制和工作机制改革若干问题的意见》，又将司法改革列为60项改革任务之一。
2009年7月8日,中央编制委员会办公室《关于铁路公检法管理体制改革和核定政法专项编制的通知》(中央编办发[2009]15号)提出：全国铁路运输两级法院与铁路运输企业全部分离，一次性移交给驻在地的省、自治区、直辖市党委和高级人民法院，实行属地管理。
2010年12月7日，中编办、最高法和最高检联合发出《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》，明确改革目标，要求铁路两院同铁路运输企业全部分离，一次性整体纳入国家司法管理体系。 同年12月25日，全国铁路法院检察院管理体制改革工作会议在北京召开，会上传达和部署了具体改制任务。
根据中央关于铁路运输法院管理体制改革要求，全国17个铁路运输中级法院、58个铁路运输基层法院改制工作基本完成，2012年6月底已全部移交地方管理，顺利实现了整体纳入国家司法体系。
受理范围
2012年7月2日，最高法院根据铁路法院管理体制改革变化，出台了《
最高人民法院关于铁路运输法院案件管辖范围的若干规定》，对铁路法院案件管辖范围进行了规定：
第一条铁路运输法院受理同级铁路运输检察院依法提起公诉的刑事案件。
下列刑事公诉案件，由犯罪地的铁路运输法院管辖：
（一）车站、货场、运输指挥机构等铁路工作区域发生的犯罪；
（二）针对铁路线路、机车车辆、通讯、电力等铁路设备、设施的犯罪；
（三）铁路运输企业职工在执行职务中发生的犯罪。
在列车上的犯罪，由犯罪发生后该列车最初停靠的车站所在地或者目的地的铁路运输法院管辖；但在国际列车上的犯罪，按照我国与相关国家签订的有关管辖协定确定管辖，没有协定的，由犯罪发生后该列车最初停靠的中国车站所在地或者目的地的铁路运输法院管辖。
第二条本规定第一条第二、三款范围内发生的刑事自诉案件，自诉人向铁路运输法院提起自诉的，铁路运输法院应当受理。
第三条下列涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产的民事诉讼，由铁路运输法院管辖：
（一）铁路旅客和行李、包裹运输合同纠纷；
（二）铁路货物运输合同和铁路货物运输保险合同纠纷；
（三）国际铁路联运合同和铁路运输企业作为经营人的多式联运合同纠纷；
（四）代办托运、包装整理、仓储保管、接取送达等铁路运输延伸服务合同纠纷；
（五）铁路运输企业在装卸作业、线路维修等方面发生的委外劳务、承包等合同纠纷；
（六）与铁路及其附属设施的建设施工有关的合同纠纷；
（七）铁路设备、设施的采购、安装、加工承揽、维护、服务等合同纠纷；
（八）铁路行车事故及其他铁路运营事故造成的人身、财产损害赔偿纠纷；
（九）违反铁路安全保护法律、法规，造成铁路线路、机车车辆、安全保障设施及其他财产损害的侵权纠纷；
（十）因铁路建设及铁路运输引起的环境污染侵权纠纷；
（十一）对铁路运输企业财产权属发生争议的纠纷。
第四条铁路运输基层法院就本规定第一条至第三条所列案件作出的判决、裁定，当事人提起上诉或铁路运输检察院提起抗诉的二审案件，由相应的铁路运输中级法院受理。
第五条省、自治区、直辖市高级人民法院可以指定辖区内的铁路运输基层法院受理本规定第三条以外的其他第一审民事案件，并指定该铁路运输基层法院驻在地的中级人民法院或铁路运输中级法院受理对此提起上诉的案件。此类案件发生管辖权争议的，由该高级人民法院指定管辖。
省、自治区、直辖市高级人民法院可以指定辖区内的铁路运输中级法院受理对其驻在地基层人民法院一审民事判决、裁定提起上诉的案件。
省、自治区、直辖市高级人民法院对本院及下级人民法院的执行案件，认为需要指定执行的，可以指定辖区内的铁路运输法院执行。
第六条各高级人民法院指定铁路运输法院受理案件的范围，报最高人民法院批准后实施。
第七条本院以前作出的有关规定与本规定不一致的，以本规定为准。
本规定施行前，各铁路运输法院依照此前的规定已经受理的案件，不再调整。
2013年，最高人民法院在《关于开展行政案件相对集中管辖试点工作的通知》中提出了“集中管辖”的概念，《通知》这样描述：“行政案件相对集中管辖，就是将部分基层人民法院管辖的一审行政案件，通过上级人民法院统一指定的方式，交由其他基层人民法院集中管辖的制度。”之后，党的十八届四中全会又提出了“探索设立跨行政区划的人民法院和人民检察院，办理跨地区案件”的改革任务。
2015年6月16日，最高人民法院印发《关于人民法院跨行政区域集中管辖行政案件的指导意见》的通知（法发〔2015〕8号）明确指出，行政案件集中管辖改革以普通人民法院为主，同时可以充分挖掘其他可利用司法资源，诸如铁路运输法院、林区法院、农垦法院、油田法院及开发区法院等潜力。2015年6月，兰州铁路运输两级法院被最高人民法院批准为首批在省、自治区层面跨行政区划集中管辖行政案件的9个试点法院之一。
组织机构
中华人民共和国的铁路运输法院分铁路运输中级法院、铁路运输基层法院两级。