钦州港东站，为钦州市“十三五”铁路发展规划中主要的格局货运站之一，于2015年建成投用。

根据《钦州市“十三五”铁路发展规划》，钦州港东站规划建设5股货物线，预留2股货物线。场站布局方面，钦州港东站货场用地650亩，建设年限为2018-2019年，新建5条货物线、1条牵出线、3条到发线，总投资2.7亿元。此外，将规划建设钦港铁路与钦州港东站铁路联络线，新建线路长0.8km，投资0.3亿元。

钦州港东站，当时只是钦州保税港区的配套设施，车站只有2名职工负责看守车站设备。

2022年1月9日，广西钦州港东站电气化改造项目完工。

2015年和2016年，钦州港东站基本没什么货运，西部陆海新通道开通后，运量急剧增长。2017年，该站发送货物2.7万吨，2018年达58万吨，而2019年上半年就已经发送59.73万吨货物了。