他同情民间疾苦，主张减免税租，倡议修筑铁路，呼吁收回民族工商权利。在政治上赞成改良，与变法维新的康有为、梁启超、谭嗣同等交往甚密，并为汪康年主办的《时务报》撰稿。光绪十九年，在
上海格致书院创设兴学会，并募集经费在高昌乡开设“棠荫”、“董威”、“湖海”、“平安”等四所新式小学，自编教材12册，名为《读书乐》。后又重入上海江南制造局翻译馆，专心著译。
在比较文化方面，他研究较早、研究范围较广，有很多新颖中肯之见，对广义文化中的哲学、科技、风俗、教育乃至民族习性等都进行了比较考察，对中国传统文化中的弊端进行了揭露和批评，同时肯定中国古代文明在世界发展史上的地位。他的《中西格致形而上与形而下之别》、《中西民好静与好动之分》、《中西学术传统重道轻艺与轻道重艺之殊》等文中的观点，对“五四”
新文化运动有很大影响。此外，他警惕列强的侵略野心，为加强国防出谋划策，除大量译作外，还著有《刖足集》、《格致课存》、《随轺载笔》、《佐幕刍言》、《时事刍议》、《扪虱录》等书。光绪二十六年7月，因中风去世。