金荫昌在1930年前后赴南京读高中，与汪道涵先生是同窗。1932年进入燕京大学生物系学习，1937年获得学士学位，1940年获得硕士学位。1940年进入协和医科大学药理系攻读博士学位，师从Dr. H.H.Anderson，后因抗日战争影响而中断。1946年入美国加州大学医学院，继续师从Dr. H.H.Anderson攻读博士学位，于1949年获该校哲学博士学位。1950年起，担任过协和医学院教授，中国医学科学院 下辖的药物研究所 及基础医学研究所 药理研究室主任，首都医科大学药理学室主任、教授，生理科学会副理事长等职务。

四十年代后期发现啤酒花中的蛇麻酮有抗结核作用（后因链霉素的发现而放弃这一方向）。

五十年代与其他新中国第一代药理学专家共同奠定了新中国药理学研究和教学的基础。

从六十年代初开始大力介绍并推动以受点学说为主要内容的分子药理学的教学和科研工作。

指导完成我国特有的山莨菪碱临床前药理研究。

指导过抗高血压药物的药理研究。

撰有《中西医结合及现代药理学》、《受点学说的基础知识》等论文；《分子药理学》等著作。

1934年认识同为燕京大学学生的唐冀雪（1915年生），二人于1942年元旦结婚，于1943年育有一子，名金非，金非于1955年患淋巴癌去世。二人于1951年育有一女，名金蕾。金荫昌和唐冀雪于2007年元旦度过结婚65周年纪念。

金荫昌1949年在美国加利福尼亚州，经华人同胞蔡福就先生介绍，加入中国共产党，并积极在当地留学生间进行党的宣传和动员。但是1950年回国后，其党组织关系未能得到确认，党籍未能获得正式承认。党籍问题使金荫昌在20世纪50年代至70年代的政治运动中受到打击和排挤，但他始终热爱中国共产党，对共产主义信念矢志不渝，坚持以共产党员的标准要求自己。直至1996年，其党籍得到党组织正式承认（自1949年始），并给予其离休干部待遇（原为退休）。金荫昌补交了自1949年入党来因党籍问题而未按期缴纳的党费。

金荫昌晚年健康状况不佳。于1999年（84岁）（或更早）患上老年痴呆症并逐年加重。2002年9月（87岁）因为肺部感染入协和医院治疗，2003年1月出院。2005年6月（90岁）因发烧再度入协和医院观察，后于7月出院。2005年10月被确诊患上类天疱疮，2006年1月类天疱疮病情得到控制，后在家疗养，无法下床活动。2007年（91岁）2月因为肺部感染入协和医院治疗，病情几度反复，终因呼吸衰竭抢救无效，于2007年9月27日逝世，享年92岁。

金先生去世后骨灰安放在八宝山革命公墓。