重庆金佛山国家级自然保护区（以下简称金佛山保护区）始建1979年，2000年经国务院批准为国家级自然保护区，是重庆市第1个国家级自然保护区，也是重庆市主城都市区最大的保护区。保护区涉南川区11个乡镇（街道）、38个行政村、原住居民3531户12719人 （2020年数据）。

重庆金佛山国家级自然保护区是重庆市的第一个国家级自然保护区，它的前身是四川省南川金佛山自然保护区，成立于1979年，1997年重庆直辖后经重庆市人民政府批准更名为重庆市金佛山自然保护区。

1999年11月，中国科协将金佛山自然保护区建设为全国科普教育基地。

2000年4月，国务院批准建立重庆金佛山国家级自然保护区。

2018年2月8日，国务院同意调整重庆金佛山国家级自然保护区的范围，调整后保护区的面积、范围和功能分区等由环境保护部予以公布。

2021年3月6日，记者从重庆金佛山国家级自然保护区管理局获悉，该保护区的黑叶猴栖息地范围正逐步扩大。

2022年11月，入选2021-2025年度第一批补充认定的全国科普教育基地。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，重庆南川金佛山黑叶猴重要栖息地入选。

重庆金佛山国家级自然保护区地处重庆市南川区境内，东邻武隆区、贵州省道真县，南连贵州省正安县、桐梓县，西靠重庆市万盛区，北及南川城界。位于北纬28°50'—29°20'，东经107°00'—107°20'之间，总面积40597公顷。

地质属川东南陷褶束。主要展布方向为东北、南北、西北及部分弧形构造线。尤以东北方向最为明显。骨干褶皱构造，自西北向东南依次有龙骨溪背斜、金佛山向斜。

重庆金佛山国家级自然保护区是四川盆地东南缘与云贵高原的过渡地带，大娄山山脉东段的支脉，由金山、柏枝山、箐坝山、三元共四片108座山峰组成，最高海拔2238米，最低海拔685米。

重庆金佛山国家级自然保护区属亚热带湿润季风气候区。区内年均降雨量1431毫米，年均有雨日236天，有雾日263天，年太阳总辐射量为68.73千卡/平方厘米，相对湿度90%。

保护区内的河流属长江流域的乌江水系和綦江水系，地表水以河流、水库等形式分布，河流树枝状遍布于区域内的腹心地带，主要河流有鱼泉河、龙岩江、半溪沟、石梁河、凤咀江等。

重庆金佛山国家级自然保护区主要保护对象是银杉、黑叶猴及其森林生态系统，是森林生态系统类型的自然保护区。

重庆金佛山国家级自然保护区有维管植物4016种，其中，国家重点保护野生植物有银杉、银杏、珙桐、水青树、鹅掌楸、巴山榧等103种（一级7种）。金佛山保护区面积不到全国国土面积的十万分之五，原产种子植物却占了全国总数的六分之一，以南川或金佛山命名的模式植物已达232种。

重庆金佛山国家级自然保护区有野生脊椎动物465种，其中国家重点保护野生动物有黑叶猴、林麝、小灵猫、大鲵、白鹇、红腹锦鸡、红腹角雉等77种（一级13种），有昆虫2067种。

碧潭幽谷景区

位于全新开发的金佛山国家风景名胜区西部，属溪口峡谷型生态旅游景区，分为幽谷听泉、石崖意禅、归去来园、绝壁览胜、地质奇观五个体验段。

金佛山碧潭幽谷景区植被葱茏，森林覆盖率达96%，年降雨量在1400毫米左右，雾日260天左右，每年11月至次年3月是冰雪期。在如此低纬度低海拔的地区有如此的降雪期，可见这里的区域气候的特殊性让碧潭幽谷景区盛夏再无酷暑，在最热的季节，这里的平均气温不会超过20°C，是理想的避暑休闲区。

金佛山索道

金佛山索道，属单线循环脱挂抱索器吊厢式，进口于法国，由法国波马公司负责设计、生产、调试的成套进口机电设备，索道轿厢不仅外观漂亮，并且在乘坐运行过程中也十分安全舒适。索道全长2700米、水平距离2500米、垂直高度900米、全线15个支架、主驱动功率700KW、全线设置客运吊箱50+1个、每个吊厢乘坐8人、索道运行速度6米/秒、运力为每小时1400人/小时。

牵牛坪景区

位于金佛山西坡山顶，包含景点有：金龟朝阳、金佛洞、戏雪场、凤凰寺、杜鹃王树、原始森林等。

高穴子景区

位于金佛山顶，由牵牛坪景区往南而行，喀斯特地貌形成的奇峰异崖，包含：石人峰、南天门、石门宫、银杉、童子拜观音、三叠瀑布、母子峰、鹰嘴岩、锦屏峰等地质奇观景点。

金佛山自然保护区有丰富的生物物种，区系复杂，垂直带谱完整，过渡特征明显，有着和谐稳定的自然生态系统，发挥着保存种源、调节气候、涵养水源、维护环境等重要生态作用，对周围地区农业生产起着重要保护作用，在植物学、森林学、生态学和环境科学方面有着重要的意义。

重庆金佛山国家级自然保护区管理事务中心为重庆市林业局直属单位，财政全额拨款的公益一类事业单位，正处级，人员编制14个，现有在岗人员23名（10名劳务派遣人员），兼职管护员42名。内设有综合科、规划财务科、保护管理科、调查监测科、科研宣教科。办公地址位于重庆市南川区金佛大道239号林业大厦。

2022年，重庆金佛山国家级自然保护区发布的首份《银杉调查报告》显示，保护区共有树高1米以上野生银杉572株，其中最大的一株树高16米、胸径51.1厘米。这些野生银杉分别位于21个种群中，其中，最多的一个种群有141株，最少的3株。种群与种群之间互无联系，均为孤立生长状态。

重庆金佛山国家级自然保护区位于中国岩溶最发育的西南地区，碳酸盐岩地层的广泛出露，以及在亚热带湿润季风气候等因素的影响下，该区岩溶地貌也很发育，形成的岩溶生态系统对环境变化高度敏感，是一种环境容量低的非常脆弱的生态系统，对灾害的应变能力低。保护区虽已有一定面积的森林，但多是次生林，长势也不好，环境承载力低，如不注意环境保护，生态平衡就会被打破，生物种类可能遭到毁灭性打击，对保护区的生物多样性造成极大的威胁。