量子物质科学协同创新中心是2012年8月1日
北京大学、
清华大学和
中国科学院物理研究所（“两校一所”）联合启动的国家重大科研项目。这也是首个由高校和科研院所联合培育创建的协同创新中心。
按照“国家急需、世界一流”的要求，量子物质科学协同创新中心瞄准世界物理学前沿和国家在信息技术和能源技术等领域的战略需要，围绕量子物质的制备和量子物态的探索重大创新任务，提出“一个中心，六个平台；五项协同，八项突破”的构建思路。即在科研组织方面，中心将形成新型量子及拓扑态研究、
高温超导研究、低维量子结构和物性研究、介观光学及冷原子研究、多体量子系统及相互作用研究、实验技术与仪器研发六个创新平台。在机制体制创新方面，中心将努力实现组织管理、人员团队、人才培养、科研组织、资源共享五个方面的协同，和中心协同管理机制、创新文化建设、跨校人员聘任、人员评价激励、学生联合培养、协同研究、资源成果共享、合作交流八项突破。争取在八年时间将中心建设发展成为国际一流的物理学学术创新高地, 为建设创新型国家做出积极的贡献。
为落实中心实施方案，两校一所在启动仪式上郑重签署了《关于组织机构与管理运行机制的协议》、《关于岗位设置、人员聘任和人事管理的协议》、《关于研究人员招聘程序的协议》、《关于人才协同培养的协议》、《关于创新任务协同实施的协议》、《关于资源整合与成果共享的协议》、《关于“综合极端条件实验装置”的合作协议》以及《关于培育经费的协议》八项组建协议。
“量子物质科学协同创新中心”的培育启动，是两校一所在积极贯彻
胡锦涛总书记在清华大学百年校庆上的重要讲话精神，学习“全国科技创新大会”中央精神，落实教育部、财政部《
高等学校创新能力提升计划》（
2011计划）要求的一项重要举措。“量子物质科学协同创新中心”也是首个由高校和科研院所联合培育创建的协同创新中心。
北大、清华两校物理学科合作渊源深厚，曾在
西南联大期间联合办学，并培养出
杨振宁、
李政道等一批物理精英。近年来，两校一所在物理领域的合作日趋紧密，在
拓扑绝缘体等领域的合作研究已处于国际领先水平；不仅如此，两校一所还在2010年和2011年先后建立了“校校联合”和“科教结合”试点，积极联合开展体制机制创新探索。教育部高等学校创新能力提升计划工作部署视频会后，两校一所立即召开物理学科主要领导联席会议，认真学习领会中央和教育部的重要精神，积极谋划两校一所物理学科实施协同创新的新思路，在两校一所以及有密切合作的美国
斯坦福大学、
加州大学伯克利分校等几家机构多次研讨的基础上，提出了建立量子物质科学协同创新中心的设想。