重庆市畜牧科学院武隆分院是武隆县人民政府与重庆市畜牧科学院于2006年9月联合组建的科技开发型研究单位。

1、以畜牧业产业发展为导向，依法开展科研、开发、技术推广与产业经营。

2、根据国家畜牧业与科技发展规划以及市场需求，制定并组织实施武隆分院的发展战略、中长期发展规划、年度计划和重大生产经营决策。

3、根据武隆与三峡库区以及武陵山区畜牧发展与养殖生产实际需要，提出并实施“地方优良鸡种选育及产业化开发、山地与林下畜牧业发展模式研究、无公害生猪标准化生产综合技术研究、规模养殖场疫病防治技术研究、规模养殖场（小区）环保技术研究、草食牲畜健康养殖与产业化技术开发、三峡库区优质牧草的选育及综合生产技术开发等”重大项目，解决关键技术问题，突破瓶颈，促进区域畜牧业持续、快速、健康发展。

4、建立现代管理制度，强化内部管理，加强思想政治工作和精神文明建设。

5、承担重庆市畜牧科学院、武隆县人民政府畜牧行政管理部门委托的其他工作。

分院结合武陵山区与三峡库区畜牧生产实际，以“地方优良鸡种选育及产业化开发、山地与林下畜牧业发展模式研究、无公害生猪标准化生产综合技术研究、规模养殖场疫病防治技术研究、规模养殖场（小区）环保技术研究、草食牲畜健康养殖与产业化技术开发、三峡库区优质牧草的选育及综合生产技术开发” 等为研究方向。

分院下设综合管理办公室、财务室、研究室（畜禽养殖技术研究室、动物疫病防治研究室、草业综合技术研究室）、重庆佳利畜牧技术推广有限公司和畜牧创新服务中心。

设置岗位20个，其中行管3个，研究开发人员17个。研究人员全部具有中、高级专业技术职称，其中有博士1人，硕士8人。