重庆市畜牧科学院南川分院是重庆市畜牧科学院与南川区畜牧兽医局共同投资组建的一个科技研发机构（科技型企业）。分院下设办公室、财务部、工程部、经营部、草食牲畜研究中心、家禽研究中心和蜂业研究中心。分院实行企业化管理。南川分院的主要任务是在建设重庆市草食牲畜科研与产业示范基地的基础上，建立涪陵水牛、南川鸡、金佛山中蜂等遗传资源保护场，同时对资源进行开发利用，最终建成集遗传资源保护、科研开发利用、生产示范基地为一体的观光畜牧业及重庆市城乡统筹生态畜牧业示范区。

研究方向：

分院以南川山王坪科研基地为依托，结合南川畜牧生产实际，以遗传资源保护技术、畜禽蜂选育及产业化、畜禽健康养殖技术、绿色（有机）畜产品生产技术、优质牧草的选育及草畜配套技术等为研究方向。

主要职责：

1、建设重庆市草食牲畜科研与产业示范基地。

2、建设涪陵水牛、南川鸡和金佛山中蜂等遗传资源保护场和保护区。

3、对南川鸡、中蜂和奶水牛进行产业化开发。

4、向国家、重庆市和南川区申报承担相关科技和产业化项目。

5、完成重庆市畜牧科学院和南川区畜牧兽医局交办的其他工作。