重庆市植物病害生物学重点实验室在2004年6月整合原西南农业大学植物保护学院后通过了重庆市教委的评估，正式运行并对外开放。实验室所属学科是国家一级学科博士点，是本校规划发展的重点优势学科之一，具有一支50名由中青年科研人员组成的科研队伍，其中：归国博士3名，博士生导师3名，新世纪人才1名，正高级职称（教授、研究员）12名，博士10名。周常勇研究员（国家柑桔苗木脱毒中心主任、西南大学副校长）任实验室和学术委员会主任。

本实验室以植物病害生物学的基础（应用基础）研究为主，兼顾应用研究。依据国内外植物保护学和植物病理学研究的新动态以及“农业部优势农产品区域发展规划”、“重庆市十个百万产业化工程规划”和“全国柑桔非疫区建设规划”等纲要性文件，确定了以下三个研究方向为：

①植物病原生物学基础及致病机制研究；

②植物病害检测技术与控制技术研究；

③柑桔病害分子病理及防治技术研究。

重点研究有害生物与寄主间互作机制和控制方法，加速生物技术、信息技术等高新技术在植物病害诊断、预警和防治中的应用，在防止重庆市农业优势产业大发展后可能出现的大病流行方面发挥了积极作用，取得了显著经济效益和社会效益。

植物病害生物学重点实验室按照“利用特色优势，发挥原有基础，拓宽研究领域，引入高新技术，力争国内外一流”的发展思路，跟踪国际作物病害生物学研究前沿，发挥本重点实验室国家一级学科的学科优势，利用较好的硬件平台和研究队伍，结合重庆市农业产业发展需求，重点研究重庆市优势农作物重要病害（水稻稻瘟病、柑桔溃疡病、马铃薯青枯病和小麦锈病等）诊断、监测、预警和病害控制的理论及关键技术，加速生物技术、信息技术等高新技术在植物病害诊断和防治中的应用，解决我市农业优势产业大发展中可能遇到的重大病害流行问题，以获得防治植物病害最佳经济、社会和生态效益。

实验室配备了一批用于组织培养、转基因、病害快速鉴定和脱毒等研究的DNA全自动测序仪、超（高）速冷冻离心机、基因芯片扫描系统、凝胶成像系统和光照培养箱等仪器设备200多台（套）共600多万元。建设有6000 ㎡以上的温网室群、病毒病鉴定用温网室、无病毒原种库、母本园、展示园和一级采穗圃。

实验室瞄准植物病害研究领域国际前沿科学问题，加强国际合作，进一步提高国际重大研究领域的科学地位和国际知名度；加强与国际一流实验室的合作与交流，学习其先进的科学研究经验和管理模式。“十五”以来，实验室派出40余人（次）研究人员赴澳大利亚、西班牙、意大利、美国等国家和地区进行合作研究、考察或参加国际会议。接待来自澳大利亚、美国、南非、巴西等30余个国家的专家学者、柑桔生产、经营者和其他友好人士75批计500多人次来本实验室进行合作研究、交流或访问，并与澳大利亚有关机构达成柑桔病毒病及类似病毒病合作研究意向。

与国内11家相关科研院所和高校进行了项目合作12项、人员互访120人次，承办或共同主办国际学术会议2次、全国性会议5次，参加国际学术会议20人次、全国性学术会议153人次。

实验室正式开放2年来，共承担“973”前期项目（1项）、国家十五攻关项目（1项）、国家自然科学基金（2项）、“863”计划项目（2项）以及其他科研任务共30余项，科研经费2000余万元；取得了“柑桔良种无病毒三级繁育体系建设”、“转基因抗溃疡病柑桔新品系培育”、“柑桔衰退病弱毒系交叉保护机理研究”、“有益微生物的促生控病作用”、“柑桔病害综合防治”等多项科研成果；出版著作5部，在国内外刊物及国际会议上发表论文105篇；培养研究生61人。

实验室坚持“开放、流动、联合、竞争”原则，立足重庆，服务西南，面向全国，为将本实验室建成与国际接轨的植物病害生物学研究、人才培养和学术交流中心进行了扎实的工作。