重庆为国家历史文化名城，巴山渝水间的每块土地上，都印刻着重庆社会进步的足迹。而博物馆则是这座城市的文化内涵所在，承载了岁月长河中重庆人物质文明与精神文明的宝贵结晶。重庆市的博物馆数量众多，种类丰富，既有记录历史传奇的综合博物馆、还有彰显英雄主义的革命纪念馆、更有突出地域特色的专题博物馆。
重庆中国三峡博物馆前身为1951年成立的西南博物院，为首批
国家一级博物馆，也是重庆市成立最早的博物馆。现有馆藏文物10万余件套，珍贵古籍善本1.8万余册，涵盖23个文物门类，逐步形成了以“古人类标本、三峡文物、巴渝青铜器、汉代文物、西南民族文物、大后方抗战文物、
瓷器、书画、古琴”等为特色的藏品系列。
重庆自然博物馆新馆坐落于
北碚缙云山麓，由“动物星球”、“恐龙世界”、“山水都市”、“地球奥秘”、“生命激流”、“生态家园”6大展览组成，主要展示地球演变、生命进化、生物多样性以及重庆壮丽山川。现有藏品11万余件，是我国藏品类型最多的自然科学博物馆，以
中生代各类恐龙化石和西部地区丰富多样的脊椎动物标本为主要特色。
重庆红岩革命历史博物馆是由
重庆红岩革命纪念馆、
重庆歌乐山革命纪念馆、特园中国民主党派陈列馆等革命纪念馆组成，2012年被评为国家一级博物馆，是全国优秀
爱国主义教育基地。博物馆馆藏文物、照片及资料总数达到10万余件，主要以革命领袖、革命先贤、革命烈士的思想精神、人格风范为内容，是重庆市红色旅游参观接待的窗口单位。
白鹤梁位于重庆市
涪陵城北长江中，被誉为“世界第一古代水文站”，因
三峡工程的修建蓄水而被淹没，在原址基础上建立的世界首座水下博物馆。整个博物馆分为地面陈列馆和水下参观两大部分，除了观看地面陈列馆展厅的“生命之水”、“长江之尺”、“水下碑林”等展览单元之外，还可以通过特制隧道，深入到水中一览白鹤梁题刻真迹。
重庆三耳火锅博物馆创立于2002年，位于
九龙坡区金凤镇的三耳火锅文化城里，博物馆建筑外形酷似“火锅”，极富重庆特色。博物馆内琳琅满目的藏品上起周朝、下至现代，不仅有从国内外各地不同类型的600多件火锅，还有2万余件与火锅相关的楹联、书画作品。而博物馆内的镇馆之宝，当属绝无仅有的唐三彩火锅。
重庆市民族博物馆位于渝东南土家族苗族聚居区的
黔江，是重庆市首家民族博物馆。博物馆共收藏国家级历史文物52件，民族文物482件，各类图片345幅。设有历史厅、民居厅、服饰厅、礼仪厅、艺术厅、文物厅、书画厅等展厅，着重展示了土家族和苗族的生活习性、历史环境、文物珍品、各类民间艺术和民间工艺品，是重庆少数民族对外交流的一个窗口。
钓鱼城古战场遗址博物馆位于主城北部的
合川钓鱼城内，馆址利用清代建筑护国寺、忠义祠改建，现有宋代刀剑、瓷器、钱币、金属饰器和当今名人书画藏品近千件。博物馆分为三个陈列室，陈列内容以宋蒙战争钓鱼城抗战史为主线，共分“古战史上的奇迹”、“典型的军事设施”、“文物与文献资料”、“历史人物”、“古今吟咏”五个部分。