酶促合成(又称基因的半合成): 全基因，特别是较大的基因的全部化学合成成本昂贵使用半合成的方法可以降低成本，从而利于普及使用。首先合成末端之间有10~ 14 个互补碱基的寡核苷酸片段，退火后以重叠区作为引物，在4 种dNTP 存在的条件下，通过DNA 聚合酶I大片段(Klenow 酶) 或反转录酶的作用，获得两条完整的互补双链。

在合成基因的结构中，应包括有克隆和表达所需要的全部信号及DNA 顺序，基因密码的阅读框架也应该同表达体系相适应。此外，由于不同种类的生物体或密码子的使用都具有明显的选择性，在基因合成和克隆时必须考虑这个问题。选择合适的密码子，以获得高效表达。