俱乐部前身雄鹰足球队成立于1996年3月24日，1999年6月18日成立业余足球俱乐部，2008年8月27日俱乐部与
呼伦贝尔市体育局联合成立呼伦贝尔市雄鹰青少年足球培训基地，2015年成立首家女子足球俱乐部。2015年9月23日曾注册鄂温克旗巴彦托海镇雄鹰足球俱乐部（后注销），2016年11月29日在鄂温克旗民政局注册成立鄂温克旗雄鹰足球俱乐部，2019年2月15日工商注册成立鄂温克族自治旗巴彦托海镇雄鹰足球俱乐部，2023年12月25日又在鄂温克自治旗民政局注册鄂温克自治旗雄鹰足球俱乐部。
2008年8月，中央电视台足球之夜栏目组来鄂温克族自治旗，为雄鹰足球俱乐部拍摄主题片。2010年5月，
中央电视台体育频道记者再次来到鄂温克族自治旗，拍摄雄鹰足球俱乐部的主题栏目。2010年，俱乐部赴中央电视台体育频道参加6月12日的
南非世界杯豪门盛宴直播节目、
中央网络电视台足球同学会辩论赛的直播节目。2018年12月9日，获得“人民足球2018·优秀草根俱乐部”奖。